Когда армия Александра приблизилась к Вавилону, жители его торжественно встретили победителей. Александр велел восстановить разрушенный персами храм главного вавилонского божества Мардука, за что жрецы провозгласили его царем Вавилонии. Вслед за этим Александр захватил Сузы, Персеполь и Пасаргады. В его руках оказались огромные денежные средства, столетиями собиравшиеся персидскими царями и хранившиеся в их сокровищницах. Персеполь Александр объявил самым враждебным из азиатских городов и отдал на разграбление своим воинам. Источники единодушны в описании страшного разгрома и ограбления, которому подвергся этот богатейший город. Среди такого почти триумфального шествия, только изредка прерываемого безнадежным сопротивлением отдельных персидских отрядов, странным диссонансом выглядит сожжение знаменитого царского дворца в Персеполе, которое подтверждается археологическими раскопками. Исследователи до сего времени спорят о причинах подобного акта вандализма. Приведем два из наиболее возможных объяснений. Первое — Александр хотел еще раз продемонстрировать грекам свою приверженность официальному лозунгу войны: отмщение персам за сожжение греческих святынь. Второе — Персеполь был не только столицей Персии, но и сакральным центром Ахеменидов, и разрушение его становилось тем самым как бы символом конца их власти. Найденные в Персеполе статуи, увезенные Ксерксом после разграбления Афин в 480 г. до н. э., были возвращены обратно.
Дарий в это время находился в столице Мидии Экбатанах. Он рассчитывал собрать новую армию, использовав ресурсы еще не затронутых войной восточных сатрапий, однако его замысел не удался. Когда армия Александра из Персиды двинулась в Мидию, Дарий, понимая, что его сил явно не хватит для сражения, решил уходить дальше на восток. Но в персидском лагере созрел заговор, несколько вельмож, в том числе сатрап Бактрии Бесс, захватили царя. Древние авторы подробно рассказывают о последних днях жизни Дария, его бегстве в труднодоступные малонаселенные районы, о тяжелом преследовании беглецов Александром. Наконец, когда Александр уже совсем настиг их, вельможи убили Дария. Произошло это летом 330 г. до н. э. Александр с подчеркнутым уважением отнесся к телу мертвого царя, воздав ему почести и отправив в Персеполь для погребения в царской усыпальнице, тем самым стремясь подчеркнуть законность своей власти. Персидская армия полностью распалась, Бесс со своими приверженцами бежал дальше на восток в Бактрию.
Гибель Дария многие в армии Александра восприняли как окончание войны. Повод к этому дал и сам царь, который распустил войска, предоставленные ему греческими городами по условиям Коринфского конгресса. Но Александр не считал войну завершенной, он полагал, что окончился только ее первый период, теперь же предстояло ее завершить, поставив под свой контроль все еще не завоеванные территории державы Ахеменидов. Он убедил своих воинов, что до тех пор, пока не будет осуществлена эта задача, их власть над уже завоеванными землями останется постоянно под угрозой. Александр после смерти Дария считал себя законным преемником власти Ахеменидов и стремился получить все их наследство.
