В 1613 году, когда Никите, сыну Мины, было всего восемь лет, в России воцарилась династия Романовых и начался период, который кто-то называет бунташным веком, кто-то — боярским, кто-то и временем первых Романовых. С некоторыми оговорками период истории России с 1613 по 1682 годы вполне можно назвать и патриаршим: уж очень заметно было влияние Филарета и Никона на внутреннюю и внешнюю политику монархов. Какая же из точек зрения будет более точной? Какая же из сил (народно-бунтарская, боярская, монаршая или патриаршая) являлась доминирующей в те сложные десятилетия? Динамика и энергетическая насыщенность событий того времени говорит о том, что таковой силы не было. Время Никона отличается от предыдущей и последующей истории Русского государства тем, что движущей силой являлась сила сложная, представляющая собой суперпозицию всех вышеперечисленных сил: народа, уже окончательно поверившего в царя-батюшку, боярства, мечтавшего ограничить всевластие монарха, духовенства, решившего реализовать накопившийся с митрополита Петра мощный потенциал — экономический, моральный, духовный, и монархов, получивших у народа огромный кредит доверия, но оказавшихся между двух могучих сил — боярством и духовенством, упорно сдерживавших исторически объективное движение России к империи.
Если рассматривать жизнь и дело Никона с политической точки зрения (а он был прежде всего политиком!), то можно сказать, что он пытался создать по примеру Римской Русскую Священную Православную империю. Но логика движения Русского государства в XVII веке была несколько иной, чем представлялась она Никону-политику.
Москва испытала Никиту смертью. Умер первый его ребенок. Оплакали, отпели, похоронили, помянули. Чувствительный священник смирился с судьбой: Бог дал, Бог взял. Вскоре умер второй ребенок Никиты… Бог дал, Бог взял, Ему виднее. Никита и эту незаживающую боль души стерпел, но и третий ребёнок его умер! Оплакали, отпели, похоронили, помянули. Бог взял. Смерть третья заставила священника призадуматься. Никите показалось, что Бог повелевает ему покинуть людей с их мирскими заботами и уйти в монастырь. Получив откровение свыше, он рассказал о нем жене, уговорил ее постричься. Она, убитая горем, легко поверила, что так будет лучше.
Муж дал за неё в Московский Алексеевский монастырь вклад, она постриглась, а сам он, тридцатилетний, сильный, волевой, ушел в Анзерский скит, что на далеком Белом озере. Остров пустынный был, несколько крохотных изб стояли то там, то здесь. Священник Никита постригся в Анзерском ските и принял имя Никона. В избушке ютился он, по субботам ходил молиться в церковь. Царь присылал монахам ежегодное небольшое жалованье, рыбаки выделяли им часть улова, бедно жили монахи, но на судьбу на жаловались.
Старец Елиазар, начальник скита, взял с собой в Москву Никона, дело важное задумал старец — собрать милостыню для новой церкви. Много денег собрали они. Деньги и рассорили Елиазара и Никона. Появилось между ними недоверие, оно росло… и Никон покинул скит, перебрался на небольшом судне забредавшего в эти края богомольца в Кожеозерскую пустынь. Жизнь на островах Кожеозера еще суровее была. Никон отдал в монастырь последнее своё богатство — две священные книги, поселился на самом отдалённом острове, подальше от людей, поближе к Богу.
Рыбу он ловил, рыбой питался да хлебом, да Богу молился и был доволен жизнью, успокоился вдали от людей, да люди вспомнили о нем, явились на остров, попросили Никона быть игуменом Кожеозерской пустыни. И он согласился. Было ему тридцать восемь лет. Возраст серьёзный. Особенно для монаха, бежавшего от мирских соблазнов, от всего людского — к Богу. Шаг ответственный и труднообъяснимый. Быть может, вспомнил Никон предсказания сельского гадателя и захотелось ему славы? Зачем, в самом деле, монаху, отрешившемуся от мира, соглашаться вновь идти в мир — во власть, пусть небольшую, но все же власть? Любая власть — даже духовная — это прежде всего дело мирское. Со всеми бытовыми дрязгами. С борьбой. Зачем монаху Кожеозерской пустыни борьба?
В 1646 году Никон прибыл, как того требовал обычай, в Москву на поклон к новому царю Алексею Михайловичу, и с этого момента начался его стремительный взлет. Молодому царю очень понравился игумен, он оставил его в столице и повелел патриарху Иосифу посвятить Никона в архимандриты Новоспасского монастыря.
Алексей Михайлович часто вызывал во дворец Никона, подолгу беседовал с ним. Никон много знал, мог проникновенно и искренно говорить о волнующих его темах. Добросердечный царь умиленно слушал его, не замечая, как быстро растет авторитет архимандрита, власть его над ним, монархом. О дружбе Никона и Алексея Михайловича слух понесся по Москве. К бывшему пустыннику шли люди с просьбами, и он передавал их царю. Тот охотно исполнял просьбы. Слава о Никоне, добром защитнике обиженных, распространилась далеко за пределами Москвы.