В 1648 году, когда скончался новгородский митрополит Афанасий, царь Алексей Михайлович возжелал видеть в этом сане, втором по значению в русской церкви, своего любимца Никона, которого иерусалимский патриарх Паисий, оказавшийся по случаю в Москве, и рукоположил.
Полностью доверяя новому новгородскому митрополиту, монарх поручал ему заниматься и делами мирскими. Данный факт можно объяснить лишь неосведомленностью молодого царя в истории взаимоотношений светской и духовной властей в Русском государстве, которые обострились в тридцатые годы XV века после поездки митрополита Исидора, сторонника унии с папской церковью, во Флоренцию. Великий князь московский Василий II Васильевич некоторое время поддерживал политику Исидора, считая, что уния даст возможность русской церкви освободиться от навязчивой опеки Константинопольского патриарха. Он устроил митрополиту торжественные, пышные проводы, не пожалел подарков для папы римского. Посланник вернулся из поездки и зачитал Василию II папскую грамоту, призывавшую великого князя московского быть митрополитом всея Руси, «помощником усердным всею мышцею» за скромную награду в виде «папского благословения и хвалы и славы от людей». (Никольский Н. М. История русской церкви. М, 1983, стр. 109.) Тут-то прозрел Василий II Васильевич! Под пятою у Исидора, у любого другого митрополита всея Руси ему, потомку Владимира Мономаха, Ивана Калиты и Дмитрия Донского, быть не хотелось. Исидора объявили «неистовым и дерзновенным» еретиком, сместили с должности митрополита всея Руси. С еретиком в те века не церемонились. Исидор сбежал от жестокой расправы в Литву. Светская власть в лице Василия II продемонстрировала жесткое желание управлять русской церковью. В дальнейшем взаимоотношения между князьями (а затем царями) и митрополитами (а затем патриархами) развивались с нарастающим преимуществом первых.
Вскоре после опалы Исидора Константинопольский патриарх принял унию. В Москве называли сей акт отступлением от веры, иномудрствованием и приближением к латинянам. Василий II, однако, написал патриарху дипломатичное письмо с просьбой разрешить «свободно нам сотворить в нашей земле поставление митрополита». Ответа князь не дождался, но отступать от поставленной цели он не мог. Василий II повелел епископам поставить митрополитом всея Руси Иону, созвал в 1448 году собор в Москве. На этом важном форуме лишь два человека, епископ Боровский Пафнутий и боярин Василий Кутузов, высказались о незаконности задуманного акта. По повелению Василия II их заключили в «оковы». Больше желающих очутиться в темнице не нашлось. Иону единогласно избрали митрополитом. А через одиннадцать лет, в 1459 году, созванный великим князем московским собор узаконил и закрепил соборной клятвой этот порядок избрания митрополита всея Руси. Василий II надежно перехватил инициативу у духовной власти, но она была еще сильна, материально подкреплена и авторитетна, чтобы борьбу между светской и духовной властями считать законченной.
Надо отдать должное представителям той и другой сторон: боролись они за свои идеи решительно, но не предавая интересы государства, а многие ставленники московских князей и царей верой и правдой служили им, преследовали, как, например, Иона, «всеми мерами церковной репрессии крамольных князей и бояр, анафемствовали их и требовали от епархиальных епископов строгого проведения анафемы», хотя были и такие, как новгородский владыка Евфимий, который «отказался применить репрессии против крамольного и отлученного от церкви Шемяки, скрывшегося в Новгороде» (Никольский Н. М. История русской церкви. М., 1983, стр. 110–111).
Мощный удар по материальному потенциалу Русской православной церкви нанёс Иван IV Васильевич. С другой стороны, и грозный царь, и все другие российские монархи всеми способами старались приподнять авторитет Русской православной церкви в глазах соотечественников и чужеземцев. Естественно, как церкви, подчиненной самодержцу. В 1589 году Константинопольский патриарх лично прибыл в Москву, посвятил первого московского патриарха, признав тем самым русскую церковь автокефальной.
