Когда Жанна отправилась в столицу, болезнь уже вовсю терзала ее, однако, решив, во что бы то ни стало, сохранять королевское достоинство, она держалась как могла. Свидетели говорят, например, что королева Наваррская надевала на себя в то время жемчугов больше, чем когда-либо в жизни. Поселилась она в доме своего родственника по линии Бурбонов, видама Шартрского. Екатерина, оставшаяся в Блуа, поручила графу де Рец (Альберто Гонди) опекать королеву Наваррскую. Пока стоял цветущий май, Жанна пыталась храбро игнорировать свое пошатнувшееся здоровье, ожидая приезда сына. Но 4 июня ей пришлось лечь в постель, а спустя два дня она переписала завещание. Колиньи, недавно прибывший ко двору, услышал о безнадежном состоянии королевы и 8 июня приехал навестить ее. Здесь он и остался до конца. Вместе с капелланом Жанны, Мерленом, они молились и читали больной Священное писание, когда сознание ее на время прояснялось. Жанна так и не встретилась с любимым сыном — она умерла 9 июня в возрасте всего лишь сорока четырех лет. Вскрытие показало, что смерть наступила в результате туберкулеза и абсцесса в правой стороне груди. После резни в печально знаменитую Варфоломеевскую ночь пошли слухи, что Екатерина покончила со злополучной королевой, которая-де была для нее досадной помехой. Горожане передавали друг другу историю о том, будто мэтр Рене, флорентийский парфюмер Екатерины, получил заказ изготовить для Жанны пару пропитанных ядом перчаток. В действительности же Екатерина ничего не выигрывала от смерти королевы Наваррской: цели своей она достигла, контракт был подписан, хотя кончина ревностной гугенотки, без сомнения, нанесла удар ее единоверцам.
А вот другое событие того периода, увы, почти без сомнения, было делом рук Екатерины. Это убийство молодого кавалера по имени Филибер Ле Вайе, сьер де Линьероль. К 1570 году женственные привычки Генриха Анжуйский и отсутствие у него интереса к женщинам вообще (если не считать таких исключений, как его сестра Марго), стали чрезвычайно беспокоить Екатерину. Она прилагала немало усилий, чтобы развить в сыне обычную мужскую похоть. Королева устраивала особые вакханалии, где, как говорили, прислуживали красивые нагие девушки. Но реакция ее сына на это не выходила за пределы равнодушия, если не сказать, скуки. Вместо этого герцог окружил себя целой свитой франтоватых и миловидных молодых дворян — так называемых «миньонов». Они раболепно угождали принцу, он же защищал их и баловал. Екатерина ненавидела эту шайку красивых юношей и, как только среди них появлялся фаворит, делала все, дабы избавиться от него. Одним из членов компании был Линьероль, тесно связанный с Испанией. Этот юноша каким-то образом сумел стать необходим герцогу Анжуйскому. Линьероль, однако, отличался от остальных. Этот миньон сумел пробудить в своем покровителе черты, противоположные его обычному эпикурейству и цинизму.
Генрих Анжуйский, как ни парадоксально, всегда был склонен к религиозному фанатизму, и Линьероль делал все возможное, чтобы взлелеять эту склонность. Герцог сильно привязался к необычному фавориту, а тот так увлек его фанатичной верой и аскетизмом, что герцог буквально заболел. Истовая молитва, пост, паломничество и самобичевание сменили обычное распутство, он заметно отдалился от матери. От этого религиозного усердия хрупкая конституция Анжуйского начала страдать, и один из придворных как-то подслушал, как Екатерина сказала: у ее сына Генриха «лицо стало таким бледным, что я бы предпочла видеть его гугенотом, чем подвергать его жизнь подобной опасности». Любовь Екатерины к третьему сыну была слепой, инстинктивной. Любой, кто, по ее мнению, угрожал его здоровью и жизни, а также отдалял его от матери, рисковал нарваться на крупные неприятности. Когда Линьероля нашли мертвым в узкой аллее близ Лувра, никто даже не стал искать убийцу. Казалось, все понимали, по чьему приказу заколот этот набожный миньон. На какое-то время Анжуйский вернулся к обычному времяпрепровождению, но латентный фанатизм впоследствии развился вновь и причинил ему огромный вред.
В том же году, 13 мая, был избран новый папа, Григорий XIII, оказавшийся более податливым и умеренным во взглядах, нежели его предшественник. Екатерина уверила Григория, что брак ее дочери с Генрихом Наваррским является единственным способом предотвращения войны с Испанией и сохранения мира во Франции. Она запросила специальное разрешение на брак между Генрихом и Маргаритой, несмотря на разницу вероисповеданий и родство «третьей степени». Екатерина, без сомнения, искренне желала сохранить мирные отношения с Филиппом II, которые осложнялись отчетливым стремлением адмирала Колиньи форсировать замысел военного вторжения в Нидерланды.
