Папа Иннокентий III, враждовавший с Филиппом, сделал все возможное, чтобы помочь Иоанну; теперь Иоанн поссорился с Иннокентием. После смерти Хьюберта Уолтера (1205) король убедил старших монахов Кентербери избрать на вакантное место Джона де Грея, епископа Норвича. Группа более молодых монахов выбрала архиепископом Реджинальда, своего субприора. Соперничающие кандидаты поспешили в Рим за папским утверждением; Иннокентий отверг их обоих и назначил на эту должность Стивена Лэнгтона, английского прелата, который последние двадцать пять лет жил в Париже, а теперь был профессором теологии в тамошнем университете. Иоанн протестовал против того, что Лэнгтон не подготовлен к должности примаса Англии, которая включает в себя как политические, так и церковные функции. Не обращая внимания на возражения Иоанна, Иннокентий в итальянском Витербо посвятил Стефана в архиепископы Кентерберийские (1207). Иоанн запретил Лэнгтону ступать на английскую землю, пригрозил сжечь монастыри над головами непокорных кентерберийских монахов и поклялся «зубами Бога», что если папа наложит на Англию интердикт, то он изгонит из страны всех католических священнослужителей, а некоторым из них выколет глаза и отрежет нос для верности. Интердикт был объявлен (1208); все религиозные службы духовенства в Англии были приостановлены, кроме крещения и крайнего отпевания; церкви были закрыты духовенством, церковные колокола замолчали, а мертвые были похоронены в неосвященной земле. Иоанн конфисковал все епископские и монастырские владения и раздал их мирянам. Иннокентий отлучил короля от церкви; Иоанн проигнорировал указ и провел успешные кампании в Ирландии, Шотландии и Уэльсе. Народ дрожал под интердиктом, но вельможи смирились с разорением церковного имущества как с временным отвлечением королевского аппетита от собственных богатств.
Гордясь своей очевидной победой, Иоанн оскорбил многих своими излишествами. Он пренебрегал своей второй женой, чтобы завести незаконнорожденных детей от нерадивых любовниц; сажал в тюрьму евреев, чтобы выколачивать из них деньги; позволял некоторым заключенным прелатам умирать от лишений; отвращал от себя дворян, добавляя оскорбления к налогам; строго следил за исполнением непопулярных лесных законов. В 1213 году Иннокентий прибег к последнему средству: он обнародовал указ о низложении английского короля, освободил подданных Иоанна от клятвы верности и объявил владения короля законной добычей того, кто сможет вырвать их из его святотатственных рук. Филипп Август принял приглашение, собрал внушительную армию и двинулся к побережью Ла-Манша. Иоанн приготовился сопротивляться вторжению; но теперь он понял, что вельможи не поддержат его в войне против папы, вооруженного не только физической, но и духовной силой. Разгневавшись на них и видя неизбежность поражения, он заключил сделку с Пандульфом, папским легатом: если Иннокентий отзовет свои декреты об отлучении, интердикте и низложении и превратится из врага в друга, Иоанн обязуется вернуть все конфискованное церковное имущество и передать свою корону и королевство папе в феодальное вассальное подчинение. Так и было решено; Иоанн передал всю Англию папе и через пять дней получил ее обратно в качестве папской вотчины, подлежащей вечной дани и феодализму (1213).
Джон отправился в Пуату, чтобы напасть на Филиппа, и приказал баронам Англии следовать за ним с оружием и людьми. Они отказались. Победа Филиппа при Бувине лишила Иоанна немецких и других союзников, к которым он обращался за помощью в борьбе с расширяющейся Францией. Вернувшись в Англию, он столкнулся с озлобленной аристократией. Дворяне возмущались его непомерными налогами на разорительные войны, нарушениями прецедентов и законов, тем, что он выторговал у Англии прощение и поддержку Иннокентия. Чтобы заставить их решать этот вопрос, Иоанн потребовал от денежной выплаты вместо военной службы. Вместо этого они отправили ему депутацию с требованием вернуться к законам Генриха I, которые защищали права дворян и ограничивали власть короля. Не получив удовлетворительного ответа, дворяне собрали свои вооруженные силы в Стэмфорде; пока Джон отсиживался в Оксфорде, они отправили эмиссаров в Лондон, которые заручились поддержкой коммуны и двора. В Руннимеде на Темзе, недалеко от Виндзора, силы аристократии расположились лагерем напротив немногочисленных сторонников короля. Там Иоанн совершил свою вторую великую капитуляцию и подписал (1215) Магна Карту, самый знаменитый документ в истории Англии.
