В 1162 году он был назначен архиепископом Кентерберийским. Словно по какому-то магическому заклинанию, он резко и основательно изменил свой образ жизни. Он отказался от своего величественного дворца, королевских одежд и благородных друзей. Он подал прошение об отставке с поста канцлера. Он облачился в грубую одежду, носил волосяной покров на коже, жил на овощах, зерне и воде и каждую ночь мыл ноги тринадцати нищим. Теперь он стал непреклонным защитником всех прав, привилегий и мирских благ Церкви. Среди этих прав было и освобождение духовенства от суда в гражданских судах. Генрих, стремившийся распространить свою власть на все сословия, с яростью обнаружил, что преступления духовенства часто остаются безнаказанными в церковных судах. Собрав рыцарей и епископов Англии в Кларендоне (1164), он убедил их подписать Кларендонские конституции, которые отменяли многие церковные иммунитеты; но Бекет отказался поставить на документах свою архиепископскую печать. Генрих все же обнародовал новые законы и вызвал больного прелата на суд королевского двора. Бекет явился и спокойно противостоял своим епископам, которые объявили его виновным в феодальном неповиновении своему сюзерену королю. Суд приказал арестовать его; он объявил, что обжалует дело у папы, и в своих архиепископских одеждах, к которым никто не смел прикоснуться, невредимым вышел из зала. В тот вечер он накормил множество бедняков в своем лондонском доме. Ночью он замаскированно, изворотливыми путями, бежал к Ла-Маншу; пересек бурный пролив на хрупком суденышке и нашел пристанище в монастыре Сент-Омер в королевстве Франции. Он подал прошение об отставке с поста архиепископа папе Александру III, который защитил его позицию, восстановил его в правах, но на время отправил жить простым цистерцианским монахом в аббатство Понтиньи.
Генрих изгнал из Англии всех родственников Бекета, любого возраста и пола. Когда Генрих прибыл в Нормандию, Томас покинул свою келью и с кафедры в Везелее объявил отлучение тем английским священнослужителям, которые поддерживали Кларендонские конституции (1166). Генрих пригрозил конфисковать имущество всех приорств в Англии, Нормандии, Анжу и Аквитании, связанных с аббатством Понтиньи, если его аббат продолжит укрывать Бекета; испуганный аббат умолял Томаса уйти, и больной бунтарь некоторое время жил на милостыню в захудалом трактире в Сенсе. Александр III, подстрекаемый Людовиком VII Французским, приказал Генриху восстановить архиепископа в его сане или наложить интердикт на все религиозные службы на территориях, находящихся под властью Англии. Генрих уступил. Он приехал в Авранш, встретился с Бекетом, пообещал исправить все его жалобы и придержал архиепископское стремя, когда торжествующий прелат взошел на коня, чтобы вернуться в Англию (1169). Вернувшись в Кентербери, Томас повторил свое отлучение епископов, которые выступали против него. Некоторые из них отправились к Генриху в Нормандию и привели его в ярость своими, возможно, преувеличенными рассказами о поведении Бекета. «Что!» — воскликнул Генрих, — «человек, который ел мой хлеб… оскорбляет короля и все королевство, и ни один из ленивых слуг, которых я кормлю за своим столом, не делает мне замечание за такое оскорбление?» Четыре рыцаря, выслушавшие его, отправились в Англию, по-видимому, без ведома короля. 30 декабря 1170 года они нашли архиепископа у алтаря собора в Кентербери; там они зарубили его своими мечами.
