Помпей и его легаты начали систематически уничтожать крепости и флоты пиратов с запада к востоку. Через 40 дней между Испанией и Италией не осталось ни одного пиратского корабля. Затем кампания сместилась к двум главным центрам пиратства — Криту, где уже действовал Метелл, и к Киликии. Помпей, сочетая военные действия с переговорами, вынудил киликийских пиратов отказаться от их традиционного промысла, и через десятилетие осталась лишь горстка морских разбойников.
По-видимому, во время своего пребывания в Киликии Помпей разработал план умиротворения Востока в пределах Римской империи. Многих пиратов он поселил в городе Солы, который переименовал в Помпейополь. Это было историческое решение не только потому, что полководец милостиво обошелся с бывшими врагами, которым был предложен альтернативный источник средств — сельское хозяйство, — но и потому, что впервые римский военачальник основал город, названный в свою честь, следуя традициям эллинистических царей. После этого успеха в войне, которая — по словам Цицерона — была подготовлена зимой, начата весной и завершена летом, Помпею было предложено победить там, где потерпел поражение Лукулл. Его полномочия были расширены, и он был направлен на войну против Тиграна и Митридата.
В войне против Тиграна Помпей следовал принципу «разделяй и властвуй» (
Митридату с остатками войск удалось бежать в наиболее отдаленную северную часть своего царства — к Боспору Киммерийскому, что на северо-восточном побережье Черного моря. Несмотря на сопротивление кавказских племен, Помпей продолжил преследовать его, пока не достиг Колхиды. В 65 году до н. э. Митридат занял Крым и, казнив собственного сына Махара, завладел троном Боспорского царства. Он строил планы вторжения в Италию вдоль течения Дуная, когда наконец понял, что покинут всеми, включая его сына Фарнака, возглавившего против него восстание. Старый царь, осажденный в Пантикапее, не мог даже покончить с собой с помощью яда: на протяжении долгих лет он принимал микроскопические дозы различных ядов, постепенно их увеличивая; так он выработал к ним иммунитет — эта практика по его имени называется митридатизмом. В конце концов в 63 году до н. э. он поручил свое убийство наемнику. Его прежнее царство было присоединено к Вифинии, и образовалась новая провинция — Вифиния и Понт. На престоле Боспорского царства Помпей оставил Фарнака, предавшего собственного отца, не подозревая, что тот унаследовал отцовские амбиции. В 49 году до н. э. Фарнак использует шанс, предоставленный ему гражданской войной в Риме, и аннексирует Колхиду и часть Армении. Правление его было бы совершенно ничем не примечательно, если бы не знаменитая фраза, которую Цезарь написал друзьям в 47 году до н. э. после быстрой кампании и скорой победы над Фарнаком: «Пришел, увидел, победил» («
Помпей покончил с Митридатом, и теперь пришло время разобраться на Ближнем Востоке с Сирией. Селевкидское царство продолжало существовать лишь по милости Рима. К 83 году до н. э. большая часть его территории вошла в царство Тиграна. Наследники различных ветвей династии Селевкидов продолжали вести усобицы, почти на век расколовшие государство; Селевкиды контролировали лишь очень небольшие районы. Только один из наследников, Антиох XIII, был признан римским сенатом в качестве царя. Когда в 63 году до н. э. он по приказу Помпея был убит арабским династом Эмесы, римский военачальник мог наконец приступить к урегулированию ситуации к западу от Евфрата. Теперь, когда Рим имел общую границу с Парфией, он не мог допустить существования вдоль нее очагов безвластия. В 63 году до н. э. Сирия стала римской провинцией. Хасмонейское царство Иудеи, расколовшееся в результате непрерывных усобиц, также было упразднено; его царь Аристобул был низложен и заменен сыном Гирканом II, который получил титулы первосвященника и
