Египетская усобица лишь началась, когда в Риме случился резкий поворот. Поставив под свой контроль западные провинции и Италию, Цезарь продолжил кампанию против Помпея в Эпире. В августе 48 года до н. э. он разбил того при Фарсале в Фессалии. Большая часть сената перешла на сторону Цезаря, но Помпей все еще оставался защитником царей Египта. Он немедленно бежал туда, надеясь получить поддержку от местных правителей. Но, лишь спустившись с корабля, он был убит по приказанию Потина. Евнух считал, что Цезарь отблагодарит его за этот поступок, однако ошибался. Когда Цезарь, избранный диктатором, а затем консулом в 47 году до н. э., прибыл в Александрию, вместо царей он обнаружил Потина, подарившего ему голову Помпея и его кольцо с печатью. Для Цезаря, который, как передают, пролил слезы при виде отсеченной головы противника, гибель Помпея означала не устранение конкурента, но убийство римского гражданина. По приглашению Цезаря Птолемей XIII вернулся в Александрию лишь для того, чтобы увидеть, как его беглая сестра оказалась на стороне римского диктатора. Честолюбивая царица пробралась в покои Цезаря завернутой в ковер и покорила сердце закаленного полководца.
Попытки Цезаря примирить царскую семью были обречены на провал. Беспрестанные заговоры евнухов, борьба между Птолемеем XIII, Клеопатрой и Арсиноей за власть и претензии начальника египетской армии Ахилла привели к александрийскому восстанию 47 года до н. э., известному как
В следующие несколько лет, с 47 по 44 год до н. э., Цезарь занимался успокоением Рима, политическими и иными реформами, а также подготовкой похода против парфян. Решение Клеопатры присоединиться к нему в Риме не пошло на пользу ни ей, ни ее возлюбленному. Оно вызвало подозрения относительно планов Цезаря на будущее; повод для волнений получила его семья, основания для критики — враги, источник пересудов — чернь. Ходили слухи, что Цезарь подготавливал закон, разрешавший двоеженство, чтобы жениться на Клеопатре и установить собственное монархическое правление в Египте, сделав Александрию второй столицей державы. В действительности же в завещании Цезаря не упоминались ни Клеопатра, ни его единственный сын Цезарион.
Диктатор мертв. Да здравствует — кто?
На празднике 15 февраля 44 года до н. э. консул Марк Антоний предложил пожизненному диктатору Цезарю диадему — символ царской власти. Отказ принять дар не разубедил группу с подозрением взиравших на него сенаторов. Цезарь уже имел абсолютную власть, и установление монархии было лишь вопросом времени. На встрече в сенате 15 марта, всего за несколько дней до начала похода диктатора против парфян, около 60 сенаторов под руководством Кассия и Брута убили Цезаря. Надежды убийц на то, что смерть Цезаря автоматически восстановит республику, были столь же иллюзорны, как и ожидания Джорджа Буша-младшего, будто падение Саддама Хусейна автоматически принесет демократию западного образца на Ближний Восток. Убийство Цезаря лишь открыло новый цикл гражданских войн.