Bet Mateja un Lūkas evaņģēlijos ir arī citas pretrunas, kuras mūsu šaubas vēl pastiprina. Piemēram, abi evaņģēlisti savstarpējā saskaņā apraksta cildeno ainu, kad Jānis atzīst Jēzus pārākumu. «Tanī laikā Jēzus atnāca no Galilejas pie Jāņa Jordānas krastā, lai liktos no viņa kristīts. Bet Jānis tam pretojās un sacīja: «Man vajadzētu tikt tevis kristītam, un tu nāci pie manis»» (Mateja ev., 3:13—14). Arī Lūkas evaņģēlijā — pretēji tam, ko evaņģēlists apgalvo vēlāk, — Jānis Kristītājs tāpat atzīst Jēzus pārākumu, atklāti paziņojot, ka nav cienīgs atraisīt viņa apavu siksnas.
No abām šīm versijām izriet šāds secinājums: Matejs un Lūka mums apgalvo, ka Jānis Kristītājs atzinis Jēzus misijas pārākumu, tātad zinājis, ar ko viņš tiekas. Tāpēc vērīgāks lasītājs būs augstākā mērā pārsteigts, vēlāk abos evaņģēlijos izlasot, ka Jānis, jau cietumā sēdēdams, nosūtījis pie Jēzus divus no saviem mācekļiem ar jautājumu, kas abās versijās skan identiski: «Vai tu esi tas, kam bija nākt, jeb vai mums būs citu gaidīt?» (Mateja ev., 11:3); «Vai tū esi tas, kam būs nākt, jeb vai mums būs citu gaidīt?» (Lūkas ev., 7:20). Citiem vārdiem sakot, pēkšņi ne no šā, ne no tā mēs uzzinām, ka Jānis nav zinājis, kas ir Jēzus.
Šā sajukuma cēlonis ir tas, ka evaņģēlijos cauri propagandas noslāņojumam vietumis izspraucas vēsturiskās patiesības fragmenti, ar kuriem evaņģēlisti nav pratuši tikt galā. Bet patiesība ir tāda, ka izsenis bija pastāvējusi sekta, kura godināja tikai Jāni Kristītāju, bet neatzina Jēzu. Un šai sektai vajadzēja būt diezgan spēcīgai un darbīgai, jo tā ātri izplatījās ebreju diasporā un iemantoja ne mazumu piekritēju arī to ļaužu vidū, kuri jau bija atzinuši sevi par kristiešiem. Sinoptiskie evaņģēliji nepārprotami rāda, ka šīs sektas locekļi izveidojuši noslēgtu organizāciju un tai bijušas pašai savas gavēņu dienas (Mateja ev., 9:14; Marka ev., 2:18; Lūkas ev., 5:33), kā arī īpašas lūgsnas (Lūkas ev., 11:1),
Pēc Jāņa Kristītāja nāves viens no kārtējiem sektas vadītājiem bijis kāds Apolls, kurš no Aleksandrijas ar saviem divpadsmit mācekļiem pārcēlies uz Efesu. «Apustuļu darbos» mēs lasām: «Bet Efesā nonāca kāds jūds, vārdā Apolls, dzimis aleksandrietis, izglītots vīrs, labs rakstu pazinējs. Tas bija mācīts tā kunga ceļā un, degdams garā, runāja un rūpīgi mācīja par Jēzu, kaut gan pazina tikai Jāņa kristību. Viņš sāka sludināt sinagogā. Viņu dzirdējuši, Priskilla un Akvils viņu aicināja pie sevis un viņam vēl skaidrāk izstāstīja dieva ceļu» («Apustuļu darbi», 18:24—26).
Kā tas viegli saskatāms, stāstījumā trūkst konsekvences. Apolls it kā sludinājis Jēzus mācību, bet pats pazinis «tikai Jāņa kristību». Kāpēc šādā gadījumā viņu vēl vajadzēja pievērst Jēzus mācībai, grūti izprast. Taču kristiešu laulātais pāris Priskilla un Akvils nez kāpēc uzņēmies šo uzdevumu.
No evaņģēlija teksta liekas, ka viņi to sekmīgi veikuši, taču pirmā vēstule korintiešiem rāda, ka tā nemaz nav bijis. Lūk, ko raksta Pāvils: «Jo man par jums, mani brāļi, ir pienākušas ziņas no Hloes nama ļaudīm, ka jūsu starpā ir ķildas. Es gribu teikt to, ko pie jums visur dzird runājam, viens saka: «Es turos pie Pāvila», otrs: «Es pie Apolla», trešais: «Es pie Kēfa», bet ceturtais: «Es pie Kristus»» (1:11—12).
Kā redzams, helēniskajās pilsētās savstarpēji sacentušies dažādi reliģiski grupējumi un to vidū bijuši arī Jāņa piekritēji. «Apustuļu darbu» autora dzīves laikā šī cīņa vēl nebija rimusies, un par tās atbalsi uzskatāms polemiski propagandiskais gājiens, kādu sinoptiķi pielietoja, skaidrojot Jāņa Kristītāja un Jēzus savstarpējās attieksmes. Viņiem bija svarīgi pierādīt, ka slavenais, izglītotais Apolls kopā ar visu Jāņa Kristītāja piekritēju sektu pieslējušies Pāvila mācībai.
Sīs domas izplatīšana viņiem jo svarīgāka bija tāpēc, ka laika tecējumā Jāņa Kristītāja kults nemaz neizdzisa, bet, taisni otrādi, arvien vairāk pieauga. Jo sevišķi tas izplatījās ebreju vidū, kuri Jāni allaž bija uzskatījuši par tīri ebrejisku pravieti. Kā raksta Jozefs Flāvijs, visa Jūdeja bijusi pārliecināta, ka sakāve, kādu Hērods Antips bija cietis no Nabatejas Areta rokas, esot sods par
Jāņa nogalināšanu. Tuksneša vientuļnieks tik dziļi bija iespiedies ebreju tautas atmiņā, ka ap viņu savijās vesels leģendu klāsts. Viena no tām stāsta, ka lielais rabīns Gamaliēls redzējis Jāņa galvu peldam Jordānas straumē un tad sacījis: «Kamēr tu kristīji, tu tiki noslīcināts, tāpēc tavu noslīcinātāju liktenis būs tāds, ka viņi paši noslīks.»
Šis kults atrada pateicīgu augsni arī kristietībā un pat islamā. Izlaupot Konstantinopoli, krustneši pievākuši daudz relikviju, to skaitā arī divas Jāņa Kristītāja galvas. Tagad tās atrodas divās baznīcās — Suasonā un Amjēnā. Kad vēlāk Konstantinopoli ieņēma turki, sultāns savās dārgumu krātuvēs ievietojis un ar bijību uzglabājis vēl citas Jāņa relikvijas — viņa delnu un gabaliņu galvaskausa.
