События 12 октября (по некоторым источникам 20 октября) 1518 года, спровоцированные агентами Себастьяна Алвариша и чуть не обернувшиеся трагическим исходом, послужили поводом для требования Торговой палаты ограничить численность иностранцев на кораблях. Опасаясь португальцев и уступая желаниям испанских офицеров во главе с Хуаном де Картахеной, вопреки обещанию не вмешиваться в комплектование судов, король поддержал требование палаты. Отныне Магеллану категорически запрещалось брать с собой более шести соотечественников.
На самом деле из 265 человек, отправившихся в поход, 43 были португальцами, 102 испанцами. Прочие моряки принадлежали разным народам: 40 басков, 25 итальянцев, 17 французов, 4 немца, 5 фламандцев, 6 греков, 2 ирландца, 1 англичанин, 1 с острова Мальорки, 1 с Азорских островов, 6 азиатов и 12 неизвестных. Национальная принадлежность записывалась со слов наемного матроса. Добиться исполнения указа, лимитировавшего численность португальцев в целях защиты интересов Мануэла (!), было невозможно. Матросы нанимались за полтора года до выхода в море. Некоторые поддавались заманчивым уговорам португальских агентов или опасались мести Алвариша, бесследно исчезали с кораблей. Приходилось спешно вербовать новых людей. Интернациональный состав команд позволил Магеллану и его окружению нейтрализовать скрытое и явное сопротивление испанских офицеров.
Описанное происшествие разбирались следственной комиссией, опросившей 9 августа 1519 года свидетелей волнений. Среди шести «честных» очевидцев, дававших показания в пользу адмирала, находился Элькано. Магеллан запомнил смелого боцмана, в ответственный момент поднявшегося на борт «Тринидада», и в марте назначил штурманом, поручил снаряжение «Консепсьона». Капитан Гаспар де Кесада считал ниже своего достоинства заниматься мелкими вопросами. Элькано охарактеризовал Магеллана судьям как человека разумного, добродетельного, дорожащего своей честью. Подчеркнул, будто «вполне доволен командой корабля, на котором служит штурманом, и слышал от остальных (офицеров), они тоже довольны».
Через год Хуан Себастьян де Элькано примет участие в кровавом мятеже против адмирала.
Наступила дождливая зима. В Триане не прекращался ремонт судов. Сотни рабочих чистили, скоблили корабли, меняли подгнившие доски, крепили смолистые пихтовые мачты. Из акации и вяза мастерили бортик вокруг верхней кромки марсов – «вороньих гнезд», собранных из досок, положенных крестообразно и скрепленных медными гвоздями.
Золотильщики накладывали тончайшие листочки сусального золота на загрунтованные левкасом носовые фигуры, клотики флагштоков, кормовую резьбу над окнами капитанских кают.
