Филипп IV и Жак де Моле, по крайней мере, согласились в одном: чтобы проверить обвинения против братьев ордена, необходимо организовать крупное расследование. Оба обратились к Папе, который один мог решить этот вопрос: король послал к нему двух советников, Жоффруа дю Плесси и Гийома де Плезиана. Со своей стороны, Жак де Моле, который летом вернулся к Клименту V, умолял его о том же. Папа не был в восторге от этой идеи: такого рода расследования всегда оставляли следы и могли раскрыть то, о чем лучше было не знать. Но поскольку обе стороны настаивали, он неохотно уступил и 24 августа написал королю: "Вы помните, что вы говорили нам в Лионе и Пуатье о тамплиерах; это казалось невероятным, невозможным; с тех пор мы узнали неслыханные вещи, но мы вынуждены колебаться и действовать в соответствии с советами наших братьев. Великий магистр и командиры ордена протестовали и умоляли нас провести расследование. Они просили отпустить им грехи, если они невиновны, и осудить их, если они виновны, во что они категорически не верят. Мы не можем, по мнению наших братьев кардиналов, отказать тамплиерам в том, что они просят".
Однако, добавил он, как обычно, торопиться не следует. Кроме того, Папе придется пройти курс лечения, что на некоторое время оторвет его от дел. Поэтому давайте отложим начало расследования до середины октября: "Мы планируем принять несколько рекомендованных препаратов, а затем очиститься в начале сентября. Поэтому не спешите: не присылайте к нам своих эмиссаров до середины октября". Для Филиппа Красивого и его советников это письмо означало, что Папа пытается похоронить дело, выиграть время, оттягивая его в надежде, что в конце концов о нем забудут и займутся другими делами.
Зная характер Климента V, такое толкование вполне вероятно. Но на этот раз король был полон решимости навязать свою волю понтифику, который находился в уязвимой позиции. Климент V, по-прежнему отказываясь обосноваться в Риме и все больше воспринимался в христианском мире как ставленник Капетингской монархии. Проживая в Бордо и проведя все лето в Пуатье, он испытывал постоянное давление со стороны Филиппа IV, который, как писал арагонский посол, был "королем, Папой и императором", беря на себя смелость исправлять папские тексты, когда им не хватало ясности в инструкциях для епископов, сам назначал членов папских комиссий, например, комиссии по расследованию деятельности тамплиеров, которую возглавлял его советник Жиль Айселин, даровал архиепископство Санс Филиппу де Мариньи, брату своего камергера Ангеррана. Суд должен был состояться в Париже, который зависел от этого архиепископства.
Кроме того, Климент V страдал от своего положения кочующего Папы, что значительно затрудняло управление и делало его неэффективным, увеличивая задержки из-за проблем с коммуникациями. Часть казначейства все еще находилась в Перудже; архивы — в Ассизи. Папская административная машина, разбухшая до неузнаваемости в XIII веке, насчитывала несколько сотен человек, а скромные городки юго-запада не были приспособлены для нужд различных служб, которые были разделены из-за неразрешимой проблемы жилья. В канцелярии,
