Этот список вопросов вызвал множество протестов и, не прекратив дебаты, лишь стимулировал их. Жоффруа де Фонтен потребовал исключить статьи, запрет которых препятствовал бы научному прогрессу, а также те, по поводу которых разрешается иметь иное мнение. Самые страстные споры во времена Филиппа Красивого касались взаимоотношений между философией Аристотеля и христианской догматикой. Фома Аквинский пытался создать гармоничный синтез, а Сигер Брабантский, следуя более светской интерпретации Аристотеля Аверроэсом, пришел к выводу, что в случае несовместимости можно принять двойную истину: истину по философии и истину по вере. Это была потенциально опасная позиция, которую осудил Этьен Темпье, но которая набирала силу. Наступление на томизм возглавили францисканцы и светские клирики, такие как Генрих Гентский, умерший в 1293 году, Джон Оливи, умерший в 1295 году, и Ричард Миддлтон, умерший в 1307 году. Одним из самых спорных вопросов в университете во времена Филиппа Красивого был вопрос о вечности мира: совместимо ли аристотелевское утверждение о вечности мира с библейским утверждением о сотворении мира? Но обсуждались и более анекдотичные проблемы: около 1300 года Парижский университет был взбудоражен диссертацией доминиканца Иоанна Парижского, который утверждал, что таинство Евхаристии легче объяснить "хлебопреломлением Христа", чем "освящением" хлеба. Хлебопреломление Христа или освящение хлеба? Доктора богословия спорили об этом важнейшем вопросе. Иоанн Парижский, призванный к отречению, отказался; епископ Парижа запретил ему проповедовать; Иоанн обратился к Папе, но умер до того, как его позиция была рассмотрена.
Но самой новаторской мыслью, выраженной в Парижском университете при Филиппе Красивом, была идея Дунс Скота. "Тонкий доктор" завершил главную работу своей жизни, которая в конечном итоге позволила освободить интеллект от иррациональных императивов религии. В полной оппозиции к томистскому синтезу он показал несовместимость разума и веры. Эмиль Брейе подытожил его подход следующим образом: "Его критика, таким образом, закрывает два пути, по которым мыслители Средневековья пытались установить связь разума и веры: путь святого Ансельма, который стремился осмыслить догмы с помощью философских понятий, и путь святого Фомы, который видел в вере стимул разума, способного с ее помощью подняться до обсуждения божественных вещей. В несвязанном мире Дунс Скота вера и разум стремятся изолироваться друг от друга, каждый в своей сфере". И это был первый шаг к агностицизму: "Хотя Дунс Скот признавал доказанность существования Бога, иногда кажется, что он сомневается в том, что человеческий разум может пройти путь от разумных существ до Бога, в силу одного лишь понятия бытия: приписать Богу жизнь, разум и волю невозможно, поскольку эти атрибуты немыслимы для нас, за исключением тленных или конечных существ; тогда Бог был бы без мысли и без жизни; и, с другой стороны, приписать ему творческую силу — значит лишить творения всякой действенности; тогда его существование подавляет существование творения. Мы видим, как первичность бытия толкает его, что бы он ни думал о нем, к агностицизму; утверждения о живом, творческом, провиденциальном Боге сохраняют уверенность, которую дает ему вера, но они не поддаются философской интерпретации: мы видим отказ от великой проблемы средневековья".
Подход Дунс Скота полностью подтверждает переходный характер периода правления Филиппа Красивого. Этот переходный период, заметен во всех областях и особенно важен в области интеллектуальной культуры. С Дунс Скота философия сделала первые шаги к номинализму, осуждаемому умонастроению, которое восторжествовало в университетах в конце Средневековья и открыло дверь в современность. Вера и разум несовместимы, принадлежат к совершенно разным, даже антагонистическим областям — иррациональному и рациональному. С другой стороны, в этой концепции мира можно изучать только конкретное: роды, категории, виды — это всего лишь имена, слова, которые человеческий разум использует, чтобы попытаться объяснить явления. Познаваемо только индивидуальное, конкретное: это основа как современной науки, так и философского скептицизма. Уильям Оккам, "непобедимый доктор", вскоре продемонстрировал это и прорезал беспорядок своей "бритвой". Он родился в 1285 году, в год, когда Филипп Красивый стал королем.
