В 1989 году Александр Зуев угнал в Турцию новейший истребитель МиГ-29. Предыдущий угон в 1976-м Виктором Беленко самолета МиГ-25 привел к необходимости менять на всех машинах систему опознавания «свой-чужой», что означало огромные расходы. Кроме того, американцы получили доступ к другим секретным сведениям. Яков Рябов, занимавшийся тогда этим вопросом, вспоминает поразившее число участников чрезвычайного совещания в Кремле — привлекались специалисты из самых разных ведомств.
Переговоры с американцами о сокращении вооружений означали серьезные перемены в работе систем ПРО и предупреждения раннего ракетного нападения. К тому времени Советский Союз затратил миллиарды рублей на создание сети РЛС надгоризонтного обнаружения запуска МБР. С 1984 года в эксплуатацию стали вступать РЛС второго поколения «Дарьял». Успели построить только две станции — Печорскую в Коми и Габалинскую в Азербайджане. Каждая состояла из двух огромных зданий — передатчика и приемной антенны 100 на 100 метров. Потребление электричества было так велико, что в случае Коми пришлось строить специально ГРЭС под нужды РЛС. Однако на установку станции накладывались ограничения договором о ПРО 1972, они должны были располагаться по границам государства и быть направленными вовне. Однако с 1980 года одна из станций «Дарьял» начала строиться в центре Сибири, в Красноярском крае неподалеку от города Енисейска. Американцы заявили протест и начали оказывать давление на СССР с целью ликвидации станции. Горбачев в 1987 году приостановил строительство, почти завершенное, а в 1989-м дал команду начать ее сносить. Несколько сотен миллионов рублей оказались ухлопанными впустую. Строительство еще пяти станций затянулось и так и не было завершено.
Еще убийственнее сложилась ситуация с загоризонтными радиолокационными станциями раннего предупреждения. В СССР к середине 1980-х годов имелось две таких действующих станции — под Чернобылем и на Дальнем Востоке. Их антенны достигали 460 метров в длину и 150 метров в высоту. Они представляли собой смелое техническое решение. Однако Чернобыльская ЗРЛС (построенная совсем не случайно рядом с АЭС ввиду необходимости мощного электрического питания), поставленная на боевое дежурство в 1985 году, закрылась уже через несколько месяцев в 1986-м ввиду аварии на атомной станции и больше никогда не функционировала. Гигантское сооружение просто превратилось в груду металлолома. ЗРЛС на Амуре была снята с боевого дежурства в 1989 году и тоже постепенно разрушилась.
Единственным достижением на противоракетном направлении был запуск в феврале 1991 года спутника нового поколения УС-КМО (Око-1), следящего за запусками американских ракет. Но полная группировка спутников предполагала наличие не менее десяти объектов на орбите. Также в поле неусыпного внимания Бакланова находились строительство и монтаж оптико-электронного комплекса «Окно» в Таджикистане в горах Памира, относящегося к системе контроля космического пространства.
У военных крупнейшей катастрофой в это время стал пожар на атомной подлодке «Комсомолец» в апреле 1989 года. Поскольку, в отличие от прежних времен, засекретить аварию было уже невозможно, она стала сильным ударом по престижу советской военной мощи.
В родном для Бакланове космосе главным событием стал запуск «Бурана» 15 ноября 1988 года. Корабль полетел в беспилотном варианте, что тогда подавалось как технологический прорыв, мол, американцы на такое не способны. На самом деле это свидетельствовало о неполной готовности «Бурана», а также являлось данью советской традиции в космонавтике — все переводить на автоматический режим управления — в отличие от американцев, отдававших управление в руки астронавтов. Но как бы там ни было, два витка «Бурана» вокруг планеты и его посадка на аэродром в управляемом ЭВМ режиме (корабль уже перед Байконуром сделал неожиданную петлю для лучшего захода на полосу, чем напугал всех присутствующих, подумавших, что «Буран» потерян) стали триумфом для советской космонавтики и Олега Бакланова лично.
