По дошедшим до нас сведениям можно заключить, что выздоровление его было больше чем сомнительно. В пути его постиг новый, тяжкий удар, которого он уже не мог вынести: внезапная немилость Государя. 20 марта, при пароле, отдано было в Петербурге высочайшее повеление: "Вопреки высочайше изданного устава, генералиссимус князь Суворов имел при корпусе своём, по старому обычаю, непременного дежурного генерала, что и даётся на замечание всей армии". В тот же день последовал Суворову высочайший рескрипт:
"Господин генералиссимус, князь Италийский, граф Суворов Рымникский. Дошло до сведения моего, что во время командования вами войсками моими за границею, имели вы при себе генерала, коего называли дежурным, вопреки всех моих установлений и высочайшего устава; то и удивляясь оному, повелеваю вам уведомить меня, что вас понудило сие сделать". Неизвестно, последовал ли ответ Суворова; известно только, что немилость Государя объявили ему не сразу, и он продолжал путь под гнётом мало понятной опалы.
Первые дни он хотя с трудом, но выносил дорогу. Потом это стало ему не по силам, и он остановился в деревне недалёко от Вильны. Лёжа на лавке, в крестьянской избе, он стонал в голос, перемежая стоны молитвами и жалея, что не умер в Италии. Однако припадки болезни мало–помалу стихли, больного повезли дальше. В Риге, где ему ещё полегчало, он остановился на отдых, тем паче, что наступал праздник св. Пасхи. Суворов надел через силу мундир, был в церкви и разгавливался у генерал–губернатора. Но такое насилие над собой не прошло даром: дальнейший путь он продолжал ещё медленнее, и на переезд до Петербурга потребовались две недели. В Стрельне встретили его многие из Петербурга, окружили дормез, подносили ему фрукты и цветы, дамы поднимали детей под его благословение; тронутый Суворов благодарил дам, благословлял детей. Следовало торопиться, чтобы прибыть в Петербург в тот же день, и Суворов поехал дальше.
Все приготовления к торжественной встрече были отменены. Он въехал в столицу 20 апреля в 10 вечера как бы тайком, медленно проехал по улицам до пустынной Коломны, остановился в доме Хвостова, на Крюковом канале, и тотчас слёг в постель. Явился от Государя генерал, но не будучи до Суворова допущен, оставил записку, что ему приказано не являться к Государю.
Ростопчин в мае 1800 говорит, что за разрыв союза с Венским двором назначены четыре жертвы: Суворов, Воронцов, Англия и он, Ростопчин; что первые три уже принесены, а последний ожидает своего жребия (он впал в немилость через 9 месяцев, за две недели до кончины Государя). Некоторые главную причину опалы находят в отступлениях Суворова от устава и правил. Наконец, многие указывают на интриги недоброжелателей.
Дошли свидетельства о характере отступлений от устава, допущенных Суворовым за границей. Говорят, будто он не сохранил "ни одного из введённых императором Павлом регламентов". Не употреблялись штиблеты, унтер–офицерские 4-аршинные алебарды изрублены на дрова в Альпах и отчасти в Италии, офицерские эспонтоны брошены, применялся рассыпной строй. Великий князь Константин докладывал Государю дважды, что обмундирование и снаряжение войск оказались в походе неудобными. Государь приказал сыну представить образцы более удобной экипировки, но когда увидел, что предлагаемое напоминает Потемкинское снаряжение, страшно рассердился.
О том, что Суворов восстановил должность дежурного генерала, Государь узнал не по доносу, а случайно, прочитав в рапорте генерал–лейтенанта Баура о получении приказа от Суворова через дежурного генерала Милорадовича.
Одно из близких к Суворову лиц рассказывает, что к числу самых отъявленных врагов генералиссимуса принадлежал граф Палён (в 1800 году петербургский генерал–губернатор), который, зная характер Императора и пользуясь его доверием, неоднократно пытался поколебать его благосклонность к Суворову. Когда милость Государя к генералиссимусу дошла до апогея и в Петербурге готовилась торжественная встреча победоносному вождю с оказанием ему царских военных почестей, Палён спросил у Императора, не прикажет ли он также, чтобы при встрече с Суворовым на улицах все выходили из экипажей для его приветствия, как для особы Императора. "Как же, сударь", отвечал Государь: "я сам, как встречу князя, выйду из кареты". На этот раз манёвр, рассчитанный на возбуждение в Государе ревнивой подозрительности, не удался, но попытки не прекратились. Внушалось мимоходом, к слову, что Суворов не питает к Государю должной преданности, а потому не хочет ехать в Петербург; что с тех пор, как он попал в члены королевской фамилии, у него зародились честолюбивые замыслы, подданному не подобающие; что признаком такого настроения служит затеянный им брачный союз сына с принцессой Саганской, а также самовольное учреждение должности дежурного генерала, полагаемой по закону только при Государе.
