В среду 13 мая город был еще более взволнован, чем накануне. Бриссак с трудом удержал школьников Латинского квартала, которые с тремя докторами теологии во главе, хотели покончить с братом Генрихом Валуа. В такой критической обстановке королева-мать еще раз сыграла важную роль. Когда утром она пожелала как обычно послушать мессу в Сент-Шанель, она обнаружила, что улицы перекрыты баррикадами, и была вынуждена добираться туда пешком через проделанные для нее проходы, которые сразу же закрывались за ней. Вернувшись, петеле преодоления таких же препятствий, она расплакалась. После полудня, на последнем Совете в Лувре она единственная придерживалась мнения, что Генрих III должен оставаться в Париже. Затем она направилась к Гизу, надеясь заключить с Балафрэ договор, подобный соглашению в Немуре. Однако очень быстро она поняла, что ничего у нее не выйдет, подозвала к себе сопровождавшего ее секретаря Пинара и на ухо сказала ему, чтобы он шел в Лувр и передал королю, что ему следует покинуть Париж. Но когда секретарь вернулся во дворец, короля там уже не было. Около 5 часов дня один из верных людей короля пришел сказать ему, что он должен уйти один или он пропал. Прежде чем король принял решение, к нему попало письмо Гиза к правителю Орлеана, которое рассеяло все его сомнения. Только отъезд короля, ускользавшего от расставленных сетей, мог лишить герцога де Гиза окончательной, как он считал, победы. Генрих III «вышел из Лувра пешком, будто прогуливаясь, с палочкой в руках». Придя в Тюильри, где располагались его конюшни, король сел на коня. Его примеру последовали все те, кому удалось прорваться сквозь окружение. Сидя верхом, король обернулся к городу, бросил ему проклятие, сказав, что вернется в него только через пробитую в стене брешь. По словам анонимного автора, прежде чем покинуть столицу, Генрих III воскликнул в слезах: «Неблагодарный город, я любил тебя больше, чем свою жену!» В сопровождении своих придворных и советников, он уехал из Парижа под охраной швейцарцев и французских солдат. Проехав через Порт-неф, он направился к Сен-Клу. В кортеже короля были герцог де Монпансье, единственный роялист из Бурбонов, маршалы де Бирон и д'Омон, Франсуа д'Э, канцлер Шеверни, государственные секретари Виллеруа и Брюлар, Белльевр, кардинал де Ленонкур и адвокат короля в Парламенте Жак Фэ. Перейдя Сену, отряд остановился перекусить в Траппе, переночевал в Рамбуйе и 14 мая прибыл в Шартр.
По иронии судьбы Генрих Валуа второй раз бежал из своей столицы. В первый раз он сделал это, чтобы поменять корону Польши на корону Франции. Второй раз — чтобы сохранить ее. Генрих III оставлял Париж повстанцам, чтобы легче было сражаться с ними, сохраняя при этом личную свободу. В отличие от Луи XVI, Генрих III понял, что ни в коем случае не следует оставаться пленником парижан и герцога де Гиза. По мнению Л'Эстуаля, урок «трех триумфальных дней Святого Союза» заключается в том, что «оба Генриха вели себя как два осла, один, не решившись доделать то, что задумал, имея для этого все возможности, другой — упустив попавшего в капкан зверя».
Балафрэ, действительно, упустил такую возможность, которая уже больше не представится. Сделал ли он это намеренно? Анонимный сторонник Лиги утверждает, что на просьбу Лиги помешать королю покинуть Париж герцог ответил, что это его король, и он имеет полную свободу идти куда-то или оставаться на месте, как ему захочется. Действительно ли были произнесены эти слова? Если так, то были ли они искренними? Для амбициозного и реалистичного Генриха де Гиза бегство короля было не решением вопроса, а поражением. Историк Давиля приписывает ему еще одно выражение, которое лучше отражает положение, не становясь от этого более правдоподобным. Королева-мать и Гиз еще были вместе, когда им сообщили об отъезде короля. «Мадам, — воскликнул герцог, — я погиб!» Примерно через 7 месяцев, 23 декабря 1588 года, Балафрэ, действительно, должен пасть смертельно раненным по приказу короля, в замке Блуа. Но в тот момент главным человеком, получившим выгоду от трех дней триумфа Святого Союза, был Филипп II, который, находясь на вершине своего могущества (как он полагал), собирался к концу мая увидеть Непобедимую Армаду у берегов Англии.
