Новая проблема возникла с оседанием железнодорожных путей из-за зимних заморозков и последующего оттаивания. Матрица детекторов и центральная линия рентгеновской головки были повторно откалиброваны с использованием испытательного железнодорожного вагона без ракеты. Однако во время тестового сканирования 6 мая Советы попросили американскую сторону вернуться к настройкам предварительной повторной калибровки, что наводит на мысль о том, что Советы использовали старые настройки США при калибровке своих собственных. Последующие измерения высоты центральной линии были практически идеальными при последующих сканированиях.
Проблема нехватки документации по-прежнему не ослабевала. 15 мая 1991 года американские инспекторы изъяли со склада две запасные печатные платы и протестировали их в системе КаргоСкана. Однако, когда инспекторы попытались вернуть запасные печатные платы на склад, Советы заблокировали их, отметив, что у них не было какой-либо конкретной документации на отдельные чипы, содержащиеся в печатных платах, которая позволила бы им определить, есть ли у них какие-либо возможности памяти. Этот вопрос был в конечном счете прояснен, когда США предоставили необходимую документацию.
Усовершенствования работы КаргоСкана продолжались. 15 мая Советы обратились к США с просьбой провести испытание системы КаргоСкан с использованием муляжа железнодорожного вагона с целью проверки времени начала сканирования. Впоследствии тест показал, что фактическое изображение начиналось примерно на 36 мм в области, которая была назначена для сканирования, что указывает на то, что все предыдущие снимки ракеты были помечены неправильно. Учитывая, что все предыдущие рентгенографические снимки, сделанные инспекторами с использованием КаргоСкана, успешно отображали длину и площадь сканирования, требуемые договором, американским инспекторам было ясно, что Советы знали о несоответствии и скорректировали самостоятельно, когда дело дошло до маркировки железнодорожного вагона, чтобы компенсировать это.
Во время этого теста Советы заметили, что измерение смещения лазера было примерно на 35 мм короче, чем настройка, использованная при предыдущих сканированиях. Этот тест был повторен американскими инспекторами 16 мая, подтвердив полученные результаты.
Более чем через год после начала работы КаргоСкана Советы заметили, что шестнадцатеричные распечатки, которые были получены как часть каждого изображения КаргоСкан и впоследствии приложены к отчету о проверке, могут быть скопированы для получения «изображения» второго этапа, тем самым устраняя их опасения по поводу памяти и хранения изображений. Это осознание привело к повышению уровня беспокойства по поводу многократных сканирований и сохраненных изображений.
Американские инспекторы пытались заставить Советы предварительно маркировать свои вагоны, а затем вносить какие-либо коррективы только в том случае, если сканирование не соответствовало критериям проверки. Советы, однако, были заинтересованы в том, чтобы сканирование прошло успешно с первого раза, избавив от необходимости делать несколько сканирований. В этом свете Советы просили на встрече 17 мая США вернуться к своим первоначальным измерениям в отношении высоты центральной линии.
Американские инспекторы внесли запрошенные коррективы в КаргоСкан, но, в свою очередь, потребовали, чтобы Советы прекратили вносить свои собственные коррективы. Несмотря на этот запрос, 28 мая Советы отправили с завода ракету SS-25, сканирование которой с первой попытки было признано непригодным из-за чрезмерной скорости железнодорожного вагона, проходящего через КаргоСкан. Просмотр изображения также показал, что Советы не внесли запрошенных корректировок. Вместо того чтобы решить проблему в то время, Советы попросили, чтобы ракета была оставлена в здании экологической инспекции на ночь, пока они обсуждали проблему. На следующий день Советы скорректировали свою маркировку в соответствии с запросом США, и ракета была успешно отсканирована без каких-либо проблем.
30 мая Советы отправили еще одну ракету SS-25. Первоначальное изображение было непригодно для использования из-за того, что Советы не смогли настроить свой маркер, что привело к плохому сканированию. После того как Советы внесли необходимые коррективы, было проведено второе сканирование. Хотя второе сканирование прошло успешно, оно показало, что советский маркер вторгся в изображение примерно на 6 мм.
