Своё решение снять осаду Сен-Жан д'Акра Наполеон замаскировал, по его собственным словам,
21 мая на первом привале после Сен-Жан д'Акра у г. Хайфа был оглашён приказ Наполеона по армии. Стараясь поднять дух своих заметно деморализованных солдат, главнокомандующий восславил их победы:
Следующий привал французов — в г. Яффа, где ранее уже случились два происшествия на их пути к Сен-Жан д'Акру, вошедшие в мировую историю и литературу, — был омрачён инцидентом, тоже получившим широкий резонанс в мировой литературе о Наполеоне. Речь идёт о судьбе больных чумой, число которых в разных источниках называется по-разному: 7, 11, 50 и даже 100 человек[942]. Встал вопрос, брать ли их с собой, рискуя заразить здоровых солдат, или оставить на скорую и, возможно, мучительную смерть от рук извергов Джеззар-паши. Наполеон приказал было начальнику медицинской части Р.Н. Деженетту дать им сильную дозу опиума, заявив при этом, что «это лучше, чем оставить их во власти турок». Но Деженетт возразил, что его дело — лечить людей, а не убивать их. Наполеон задумался: как быть?
По совокупности разных данных можно заключить, что Наполеон отменил свой приказ. Зачумлённые солдаты были оставлены в госпитале Яффы и оказались в плену у турок и англичан. Даже такой недоброжелатель Наполеона, как Вальтер Скотт, был уверен, что такого приказа не было.
Отступали французы от Сен-Жан д'Акра в гораздо более тяжких условиях, нежели те, при которых они двумя месяцами ранее наступали. Теперь к раскалённым и сыпучим пескам, палящему солнцу, удушающей жаре, невыносимым мукам жажды, вспышкам чумы прибавился упадок духа от неудачных попыток овладеть турецкой «избушкой на курьих ножках». Наполеон приказал отдать своих лошадей под фургоны для больных и раненых, а всем здоровым — идти пешком. Когда его конюший осведомился, какую из лошадей оставить для главнокомандующего, он стал орать на него: