Тем временем на англо-испанских судах и в городе началась паника. Моряки союзной эскадры, оказавшиеся в огневой ловушке после того, как батареи Наполеона заставили их отступить вглубь гавани, ближе к городу, теперь торопились уйти в море под убийственным шквалом заградительного огня. В то же время роялисты-тулонцы бросились к гавани и стали хватать первые же попавшиеся на глаза лодки, чтобы добраться до эскадры своих незадачливых покровителей. Сидней Смит второпях не успел выполнить приказа адмирала Худа и поджечь все французские суда в гавани и арсенале. Наполеон по этому поводу съязвит, что «Французская республика должна быть ему признательна» за такую оплошность[265]. Впрочем, как ни торопился Смит бежать из Тулона, он был взят в плен и заточён в парижскую тюрьму Тампль, где мы с ним ещё встретимся.
19 декабря весь город Тулон был полностью очищен от интервентов и доморощенных роялистов. Однако комиссары Конвента — по законам того времени — учредили революционный трибунал для расправы с «предателями». Так как предатели большей частью успели скрыться, жертвами революционной мести стали, кроме восьми-десяти человек, действительно изменивших республике, сотни невинных людей. Наполеон так вспоминал об этом на острове Святой Елены:
Наполеон определяет здесь число расстрелянных примерно: «почти 200». На самом деле их было больше, причём авторитетный (для данного случая) источник называет точную цифру. В те дни вершить «правосудие» над тулонскими мятежниками прибыл из Лиона депутат Конвента Жозеф Фуше — личность уже тогда зловещая и одиозная. Он только что «прославился» казнями таких же мятежников в Лионе и теперь, 23 декабря 1793 г., ликует в письме к своему соратнику Ж.М. Колло Д'Эрбуа из Тулона: