Действуя на территории Херсонщины, Махно не разорил ни одного кулацкого хутора, как это он охотно делал раньше, не взял силой у местных богачей ни одной лошади или телеги. В 1921 г. махновщина стала вооруженной охраной кулачества, поскольку в материальном плане целиком зависела от богатых слоев деревни. К тому же их объединяли общие интересы в борьбе против упрочения Советской власти на селе, желание удержать в своем повиновении крестьянство. В условиях нарастания классовой борьбы в деревне, обострения противоречий между зажиточным и незаможным крестьянством махновщина начинает открыто отстаивать интересы кулачества. Общим врагом Махно и кулаков стали комитеты незаможных селян. Эта активная и окрепшая часть деревенской бедноты, символизировавшая начало социалистических преобразований на селе, поддерживая политику Коммунистической партии и Советской власти, лишала батьку его нераздельного влияния на крестьянство, которым он обладал ранее, а кулачество – его былого политического и экономического могущества.
Постоянно преследовавшиеся красноармейскими частями, махновцы ежедневно вынуждены были вступать в бой и, потеряв несколько десятков бойцов, спасаться бегством. 14 марта 1921 г. в одной из таких стычек с красной конницей Махно был в очередной раз ранен. «12 верст меня везли, не перевязывая, на пулеметной тачанке, и я совершенно было сошел кровью», – вспоминал позже Махно.
Поздно вечером у постели раненого батьки собрались махновские командиры. Махно сетовал на то, что красное командование хочет постоянным преследованием заморить его войско и в конце концов уничтожить штаб армии и совет. Он принял решение разделить армию на три группы и один отряд. Реввоенсовет, штаб армии и Махно остались при группе под командованием Петренко. Отряд во главе с Забудько и Щусем двинулись в район Дибривского леса, а группа Ганжи пошла в Юзовский район. Хотя на следующее утро отряды разъехались, между ними поддерживалась постоянная связь и по первому «оклику» батьки отряды должны были опять соединиться под его командованием.
Через несколько часов после этого события на отряд, где находился Махно, налетела 9-я кавдивизия, которая в течение 13 часов преследовала махновцев. 180 верст проскакал Махно со своим войском, пока ему удалось оторваться от красных. Очутившись в селе Слобода на побережье Азовского моря, махновцы заменили загнанных лошадей и, убедившись, что им ничто не угрожает, и отдохнув, через пять часов двинулись дальше. Махно не знал, что в это время один из красноармейских отрядов, шедший по его следу, захватил в доме, где он лежал раненым, неосторожно оставленный экземпляр приказа о роспуске повстанческой армии.
Таким образом, советское командование сразу же узнало о реорганизации махновской армии. Уставший донельзя батька искал место, где бы он мог залечить рану, дать отдохнуть своим «сынкам», обдумать планы на будущее. Но 17 марта 1921 г. около села Новоспасовка батька вновь подвергся смертельной опасности: красная конница настигла махновцев. На этот раз он спасся благодаря пришедшим на выручку бойцам своей личной охраны, вооруженным ручными пулеметами. Задержав ценой своей жизни преследователей, они дали Махно и сопровождавшему его Л.Задову уйти вперед и оторваться от погони.
После такой неудачи махновские командиры во главе с батькой укрылись в одной из немецких колоний около села Заливного Александровского уезда и с 20 марта по 25 апреля 1921 г. не подавали никаких признаков жизни. Красное командование на время потеряло Махно из виду.
Партия и правительство принимали решительные меры для окончательного искоренения бандитизма и уничтожения причин, порождавших это контрреволюционное движение. Наряду с военно-оперативными действиями по ликвидации бандитизма, они осуществляли также меры, которые должны были довести до минимума экономическую и политическую базу, питавшую мелкобуржуазную стихию.
Переход от «военного коммунизма» к новой экономической политике, выработанной на X съезде РКП(б) под руководством В. И. Ленина, знаменовал исторический поворот в жизни молодой Страны Советов. Он отвечал чаяниям трудящегося крестьянства, вызывал его заинтересованность в развитии сельскохозяйственного производства и товарооборота. Курс Коммунистической партии, направленный на удовлетворение экономических интересов тружеников села, всемерно способствовал укреплению союза рабочего класса с крестьянством под руководством рабочего класса. Партийные и советские организации, политорганы частей Красной Армии занимались широкой агитационно-пропагандистской работой среди населения, необходимость развертывания которой была вызвана прежде всего тем, что махновские агенты, используя политическую незрелость многих представителей трудящегося крестьянства, распространяли ложные слухи о Советской власти, всячески искажали смысл многих решений партийных и советских органов, открыто призывали к вооруженным выступлениям. Об этом М. В. Фрунзе и С. И. Гусев сообщали 1 февраля 1921 г. ЦК РКП(б) и Реввоенсовету республики.