В те дни, когда Махно, петляя по южным районам Украины, пытался скрыться от постоянно преследовавших его красноармейских отрядов, за тысячи верст отсюда, в Кронштадте, вспыхнул антисоветский мятеж. Организовали его эсеры, меньшевики, анархисты и белогвардейские офицеры. Борьба с мятежниками, которую возглавил непосредственно В. И. Ленин, была недолгой. Мятежная крепость была взята штурмом частями Красной Армии, в котором приняли участие более 300 делегатов X съезда партии, в том числе хорошо знакомые батьке П. Е. Дыбенко, К. Е. Ворошилов, И. Ф. Федько, В. П. Затонский, А. С. Бубнов и др. К Махно это известие пришло с большим опозданием. Но, узнав, что мятежные матросы, 80 % из которых были выходцами из деревни (причем свыше 10 тыс. составляли выходцы с Украины, и в основном из тех районов, где орудовал и находил поддержку Махно), провозглашали те же анархистского толка лозунги, что и он – «Советы без коммунистов», «Да здравствует третья революция», батька воспрянул духом. 7 апреля 1921 г. полевая радиостанция махновцев передала радиограмму, содержавшую такие слова: «Приближается час соединения свободных казаков с Кронштадтскими героями в борьбе против ненавистного правительства тиранов».
Возможно, именно известие о контрреволюционном кронштадтском восстании и послужило сигналом к консолидации махновцев. В начале апреля 1921 г. Махно разослал гонцов во все отряды с приказом собираться на Полтавщине. Обстановка для этого была вполне благоприятная. Во-первых, подсохли дороги и можно было опять совершать знаменитые рейды. Во-вторых, крестьяне, закончив весенние полевые работы, могли опять участвовать в боевых партизанских действиях. В-третьих, в той быстро менявшейся ситуации батька боялся остаться не у дел или отойти на задний план. Чтобы вести за собой массы, Махно было необходимо иметь какую-нибудь цель. Он не придумал ничего другого, как объявить поход «на Харьков и разогнать земных владык из партии коммунистов-большевиков».
С 9 по 26 мая 1921 г. Махно совершил рейд по районам дислоцирования 30-й стрелковой дивизии и вел бои местного значения с ее частями. 29 мая был избран новый состав штаба, 2-тысячная армия Махно начала решающую борьбу с частями Красной Армии на Полтавщине.
Махно позаботился об укреплении дисциплины в своем войске и повышении его боеспособности. 2 июня 1921 г. он издал приказ № 1 по Революционной повстанческой армии Украины (махновцев) о введении во всех частях твердой военной дисциплины. С этого дня запрещался выезд рядовых повстанцев из строя без ведома командира, все бойцы должны были носить при себе оружие, ни на минуту не расставаться с ним, командирам вменялось в обязанность следить за тем, чтобы все повстанцы принимали участие в боях и никто не уклонялся. Батька запретил расправу над пленными и распорядился направлять их в следственную комиссию в штаб армии. Последнее распоряжение было вызвано не столько гуманными соображениями, сколько желанием Махно иметь постоянную свежую информацию о планах красных, местонахождении их частей и т. п. Следует отметить, что в штабе и Реввоенсовете Махно довольно аккуратно велось делопроизводство, издавалось множество приказов, в том числе по строевой, хозяйственной части.
В мае – июне 1921 г. начался заключительный этап в борьбе с махновщиной. Активное участие в разгроме бандитизма в этот период приняли партийные организации Украины, мобилизовавшие свыше 1,1 тыс. коммунистов на усиление частей, боровшихся с бандами. Более 300 организаций ЛКСМУ создали свои вооруженные отряды. Части Красной Армии существенно обновились. Воевали уже не те красноармейцы, которые знали повстанцев по совместной борьбе с Врангелем. Им на смену пришли бойцы, которые видели в Махно и его армии лютого врага Советской власти, от окончательного и полного разгрома которого зависело скорейшее вступление Советского государства в полосу мирного социалистического строительства. Красные части и соединения воевали теперь с Махно более напористо, стойко и решительно. В борьбе против Махно Красная Армия начала применять новые, более эффективные формы и методы.
6 июня 1921 г. М. Фрунзе направил командующим Киевским и Харьковским военными округами телеграмму, в которой обратил внимание на то, что махновцы, имея хорошо налаженную агентурную разведку, сравнительно свободно маневрируют в районах дислокации советских воинских частей. Здесь же были названы населенные пункты Левобережья, где банды Махно находили приют, пополнялись людьми, оставляли раненых, постоянно меняли лошадей, запасались продуктами. Чтобы лишить их этих баз, командующим округами предписывалось разместить в этих населенных пунктах гарнизоны, усилить их бронеотрядами. М. В. Фрунзе обязал командование красноармейских частей установить постоянную связь между отрядами, обеспечить соблюдение в строжайшей тайне всех приказов, поступавших из штабов в войска, которые вели борьбу с бандами.