Буквально на следующий день после прибытия группы махновцев в Польшу ВУЦИК 12 апреля 1922 г. объявил амнистию всем, кто воевал в годы гражданской войны против Советской Украины. Она не распространялась лишь на 7 «закоренелых преступников против свободы украинского трудового народа, непримиримых врагов рабочих и крестьян Украины» – Скоропадского, Петлюру, Тютюнника, Врангеля, Кутепова, Савинкова и Махно. Советская власть не простила Махно его кровавых злодеяний. 19 мая 1922 г. Верховный трибунал при Всеукраинском Центральном Исполнительном Комитете признал Махно виновным «в совершении на территории УССР целого ряда грабежей и разбойных нападений». 24 мая правительство Советской Украины направило польским властям ноту о выдаче Махно как уголовного преступника. 4 ноября это требование было продублировано. Однако правительство буржуазно-помещичьей Польши, хотя и содержало махновцев в концлагере, решило не выдавать их Советской власти.
В лагере за Махно был установлен довольно строгий надзор. Он находился под постоянным наблюдением жандарма и двух часовых. Барак закрывался в семь часов вечера, и через каждые два часа при смене часовых производилась проверка.
Махно, как отмечали его друзья по несчастью, боялся, что польские власти вернут его на родину, где большевики непременно расстреляют батьку. Поэтому он предложил свои услуги польскому правительству. Не получив ответа, 28 июля 1922 г. Махно обратился в Министерство иностранных дел Польши с просьбой разрешить ему эмигрировать в Чехословакию. И в этом ему было отказано. По-прежнему он содержался в лагере и не мог предпринять никаких активных действий. Он обдумывал план поднятия восстания в Восточной Галиции и построения там безвластного советского государства. Махно предполагал, что пример галицийского восстания приведет к новой революционной волне на Украине и в России, в результате чего будут свергнуты существующие там правительства. Все эти разговоры, попытки установить связь с анархистскими организациями в Варшаве, а также за рубежом (в Париже, Берлине) вынудили польские власти серьезно заняться Махно.
23 мая 1923 г. прокурор окружного суда Варшавы начал дело против Махно и его приближенных, обвинив их в связях с представительством УССР в Варшаве, подготовке мятежа в Восточной Галиции. В то же время определенные круги в Польше хотели спасти батьку от приговора Верховного трибунала Украинской ССР, который объявил Махно бандитом. Те, кто затевал этот суд, откровенно заявляли: «Поверьте, что те 8 лет тюрьмы, которые ему угрожают, – пустяки по сравнению с тем, что ему угрожало бы на территории Москвы». В противовес советскому суду польское правосудие надеялось доказать, что Махно не бандит, а «настоящий народный революционер».
25 сентября батька, Галина Кузьменко, а также махновцы И. Хмара и Я. Дорошенко были арестованы и преданы суду.
Суд начал свою работу 27 ноября 1923 г. Махно был обвинен в том, что поддерживал через Г. Кузьменко связь с миссией Украинской ССР в Варшаве и вел переговоры о подготовке восстания в Восточной Галиции и присоединении ее к Советской Украине. В процессе судебного разбирательства сразу же стала очевидной несостоятельность обвинения махновцев с сговоре с представителями УССР, поэтому речь в основном шла о личности Махно. Прокурор Вассербергер требовал наказания для Махно как предводителя разбойничьих банд. Защитники, а их было у подсудимого трое, утверждали, что Украина всегда была колыбелью для различных атаманов и гайдамаков, к тому же он никаких преступлений против Польши не совершал.
На суде Махно дал много ложных показаний, в том числе и касавшихся его личной жизни. Эти факты в дальнейшем вошли во многие работы о нем, вышедшие как за рубежом, так и в Советском Союзе. Махно, в частности, говорил, что отбывал каторгу в Сибири, никогда не был в Умани, что его жена Галина Кузьменко родом из Киева и т. п. «Махно на суде, – писал корреспондент газеты «Дни», – держится свободно, охотно говорит, категорически отказывается от возводимых на него обвинений в бандитизме, насилиях, в злых умыслах против Польши, в сношениях с большевиками. Говорит о себе и «махновском движении», как о своеобразном народном освободительном движении, о борьбе против всякой навязываемой народу власти. Говорит «интеллигентским» языком, порою с вычурными книжными оборотами. Объяснения атамана не вызывают сочувствия публики: нарисованные свидетелями картины насилий, чинимых бандами атамана на Украине, создали настроения не в его пользу».
Махно отрицал все обвинения в кровавых преступлениях. 29 ноября он выложил свой последний козырь, заявив, что весной 1920 г. своей интенсивной деятельностью в тылу Красной Армии задержал 1-ю Конную армию С. М. Буденного на две недели, чем спас Варшаву от захвата советскими войсками. С не меньшей гордостью батька заявил о том, что в 1920 г. отказался вести свою 57-тысячную армию на советско-польский фронт.