Многие задавались вопросом, что лежало в основе склонности Рудольфа к тайнам. Некоторые предполагали, что так он пытался замаскировать свою беспомощность. Теоретически Рудольф был всемогущ, но на самом деле эта власть была в значительной степени иллюзией. Его должность давала ему значимость и достоинство, но мало реального влияния. Он был со всех сторон оплетен паутиной обычного законодательства, привилегий и прецедентов. Каждое предполагаемое действие или реформа наталкивались на возражения со стороны бесчисленных сословий и советов империи.
Неспособность Рудольфа к активным действиям усугублялась его характером. Рыжеволосый, с пухлыми щеками херувима и подбородком-фонариком на портретах он выглядит именно таким: жизнерадостным олимпийцем, каким его рисовали придворные художники. Но если выглядел Рудольф как Арес или Вертумнус, его разумом управлял Сатурн. Меланхолия управляла его жизнью. Рудольф был склонен к депрессиям, возможно, страдал маниакальным синдромом. Он громогласно ругался на своих слуг и во всеуслышание заявлял, что хочет умереть. Его встревоженные советники дипломатично докладывали, что он, возможно, «в некоторой степени» одержим демонами. Папа рекомендовал схватить всех причастных ведьм, но таковых не нашлось.
Вместо этого с возрастом паранойя Рудольфа только усугублялась, он жил в убеждении, что его окружают враги. Он был уверен, что его братья замышляют против него заговор (что так и было). Его подданные, казалось, были настроены к нему ненамного лучше. На руку не играло и то, что Рудольф был надменным и тонкокожим. Например, в 1578 году, после того как жители Вены взбунтовались и облили молоком его королевских телохранителей, он перенес столицу империи в Прагу. Надежно укрывшись в своем огромном дворце в Пражском граде, он всецело отдался агорафобии. Шли годы, в течение которых он ни разу не показал свое лицо внешнему миру.
Опасаясь выходить за пределы своего дворца, Рудольф перенес мир к себе внутрь. Он был ненасытным коллекционером. Чем экзотичнее или причудливее была вещь, тем больше он ее желал. Он приобретал диковины со всех уголков земного шара: японские лаковые ширмы, головные уборы ацтеков, гигантские морские кокосы из Индии и драгоценные чаши из рога носорога. Его коллекция варьировалась от якобы исторических предметов, таких как шапка короля Пржемысла и гвозди из Ноева ковчега, до чисто магических, таких как перья феникса, когти саламандры и золотой колокольчик для вызова мертвых душ. У него был корень мандрагоры в форме Иисуса Христа и рог единорога (на самом деле бивень нарвала). У Рудольфа даже был демон, хранившийся под стеклом. Он стоял в стеклянной витрине рядом с вазой, которую он считал Святым Граалем.
Рудольф любил и живых животных. У него были специальные агенты за границей, в обязанности которых входило присылать ему любое удивительное существо, прибывающее в порты Испании или Фландрии. Среди прочего они передали Рудольфу дронта и казуара, портреты которых он заказал своими любимым художникам. После позирования они отправились жить в его частный зверинец, где также содержались зубры, бизоны и кабаны. Из всех питомцев любимцем Рудольфа был лев по имени Мохаммед, подарок османского султана Сулеймана Великолепного. Он попросил своего придворного астролога Тихо Браге рассчитать их гороскопы – собственный и зверя. Браге предсказал Рудольфу, что, когда Мохаммед умрет, правитель вскоре последует за ним.
Браге завоевал расположение Рудольфа благодаря своим навыкам астролога. Со временем великий датский астроном стал одним из самых доверенных советников императора. Браге лечил недуги императора алхимическими настойками и советовал ему, кого назначать на различные должности, а также когда и как вести войну против турок. При проведении расчетов Браге помогал его коллега Иоганн Кеплер. В тот момент Кеплер, возможно, величайший математический ум Европы, использовал астрономические наблюдения Браге, чтобы открыть принципы, лежащие в основе эллиптического движения планет, то есть совершить один из величайших скачков вперед в истории астрономии.