5 марта 1478 года, пробыв в пути немногим более двух недель, после пятимесячного отсутствия, государь и великий князь всея Русии Иоанн Васильевич возвратился домой. Следом привезли и пленённый им колокол новгородский. Повесили его на почётном месте: на колокольницу на Ивановской площади — с прочими колоколами звонить. И слился его звонкий голос с другими, создавая прекрасную гармонию.
Смерть Пафнутия Боровского разрушила то напряжённое, лишь внешнее спокойствие, которое держалось на одном только ожидании перемен. Событие свершилось, и насельники обители, погоревав один-единственный день, начали бурно обсуждать, как жить дальше.
Иосиф не стал медлить. Сразу же после похорон, как только возник вопрос, кто возглавит монастырь, — а произошло это в трапезной перед обедом, — он объявил во всеуслышание, что преподобный завещал ему стать во главе обители.
После небольшого замешательства и даже изумления братия начала шептаться, и один из иноков, Герасим Смердяков, от имени несогласных вслух спросил:
— Отчего же о том никто не слышал? Почему старец при всех не сказал о своём решении?
— Он доверил мне обитель перед самой своей кончиной, когда мы наедине говорили о её будущности, — уверенно отвечал Иосиф. — После того учитель уже не общался с братией, кроме того, не хотел перед смертью быть причиной наших пересудов, а мы вот и теперь уже начинаем осквернять его память, — громко упрекнул Иосиф недовольно переговаривающихся между собой иноков.
Его слова возымели действие, и обед прошёл спокойно. Братья помянули преподобного, мало того, сдержанно отнеслись к тому, что новый игумен занял его место за столом. В принципе все знали, что Пафнутий с большим уважением относился к Иосифу, любил его, доверял. К тому же, не всегда отдавая себе отчёт, многие из них признавали его превосходство над собой в грамоте, в знании Священного Писания, привыкли видеть в центре на всех главных службах в храме. Знали о его строгости и трудолюбии. Словом, сначала насельники обители лишь пытались осознать новшество и понять, чем оно им грозит.
Однако уже на следующий день в монастыре началось брожение. Появились сомневающиеся, которые не очень-то доверяли словам самопровозглашённого преемника, искали им подтверждения, обсуждали случившееся.
Не сговариваясь, единомышленники и родные братья Иосифа собрались в его комнату — узнать подробности. Иосиф частично изложил им всё как было на самом деле, о своём разговоре с покойным, о том, что сам предложил себя в игумены, желая навести в обители порядок. Сказал и о том, что Пафнутий не сразу согласился на это, говоря, что Пречистая сама устроит дела в своём доме, но что, подумав, будто бы одобрил его предложение. Иосиф сам верил в то, что говорил, не стали подвергать сомнению его рассказ и товарищи, видя, что он не скрывает всех обстоятельств дела.
— Ты, брат, гляди, не рассказывай о подробностях разговора с преподобным всем остальным, — посоветовал Иона Голова, — только лишние сомнения посеешь.
Даже общее горе не сменило его привычек: он был подтянут, аккуратен, чист, его длинные русые кудри и борода были, как всегда, до блеска намыты и расчёсаны.
— И без того ропот в монастыре идёт среди иноков, не все порядка здесь хотят, — продолжил он, — привыкли последнее время при игумене жить каждый по своей воле! — Иона хорошо знал, как, впрочем, и многие другие иноки, что новый игумен — сторонник более жёсткой дисциплины, и сам был не против порядка.
— Да, брат, думаю, что противников у тебя будет предостаточно, — подтвердил Герасим Чёрный. — Но знай, что мы с тобой, мы тебя не оставим.
Кассиан Босой, Акакий и Вассиан Санины согласно закивали:
— Это уж верно!
— Спасибо, братья, мне теперь ваша поддержка просто необходима! Я этого не забуду.
Ропот в монастыре продолжался. Противники нового игумена бросились в первую очередь к Иннокентию, который находился почти неотлучно возле покойного до самой его смерти. Однако, к своему разочарованию, никаких нужных сведений от него добиться не смогли. Иннокентий один из немногих учеников преподобного, кто был глубоко и искренно подавлен утратой учителя, слёзы то и дело наворачивались ему на глаза, печаль давила горло. Однако он видел, замечал, как быстро его собратья забыли о покойном и начали заниматься самыми разными мирскими делами, не боясь уже никакой управы. Он понял, что сдерживало многих лишь присутствие самого игумена, а вот не стало его, и каждый показал своё истинное лицо. Уже через день половина братии перестала постоянно ходить на церковные службы и выстаивать их до конца. Случалось, к концу молебна в храме оставались лишь несколько монахов, среди которых, кстати, постоянно почти находился Иосиф. Иные, когда хотели, отлучались за стены обители, громко спорили, собирались компаниями и даже пили хмельное. Допоздна гудели голоса в кельях, а по утрам эти грешники подолгу спали, забывая о своих обязанностях, о послушании. В общем, пошёл разброд.