Второй этап движения горцев под предводительством Шамиля в 1840–1852 гг. ознаменовался наиболее значительными успехами. Широкую поддержку Шамиль получил в Чечне, восставшей в 1840 г. против жестокого генерала Пулло, особенно против стремления властей обезоружить жителей горных сельских обществ. Объединив вокруг себя разрозненные отряды
Ташав-Хаджи, Суаиба, Ахверди Магомы, Кибит Магомы и др., Шамиль постепенно направил выступления горцев в русло борьбы за независимость и свободу под знаменем священной борьбы против «неверных». В 1840 — начале 1850-х гг. горцы изгнали царские войска почти из всей Аварии и Чечни, взяв 12 укреплений. В 1840 г. на сторону Шамиля перешел Хаджи-Мурад, который в течение 12 лет был одним из самых смелых и способных наибов Шамиля и грозой всех пограничных областей.
Ранняя и трагическая гибель Хириясул Алибека Аварского, коменданта знаменитой Сурхаевой башни на Ахульго, и Ахбердил Магомы, мудира Малой Чечни, казалось, нанесла непоправимый урон мюридизму, но тут в рядах газавата появился новый герой. Битва при Цельсеме, завершившаяся бесславно для русских войск, к тому же с потерей генерала Бакунина, являлась началом нового перелома в Кавказской войне. Переход Хаджи-Мурада на сторону Шамиля открывал ему путь в Аварию, где его популярность была чрезвычайно велика. Вслед за переходом Хаджи-Мурада вновь присоединился к Шамилю Кибит Магома Телетлинский, который в последние годы считался покорным царизму. Вместе с ним движение мюридов поддержала и большая часть обществ, лежащих по верховьям Аварского Койсу. Потеряв из сферы своего влияния Аварию, русские потеряли окончательно и свое влияние на Дагестан, что и отдалило на много лет его подчинение и завоевание.
В 1843 г. Хаджи-Мурад по поручению Шамиля блестяще завершил освобождение горной Аварии от русских войск, благодаря чему территория имамата приобрела цельный характер, охватив внутренний Дагестан и Чечню.
Началась блистательная эпоха Шамиля, период наибольших успехов, в чем огромную роль сыграл Хаджи-Мурад, назначенный уже из наибов мудиром — начальником одного из четырех округов, на который был разделен имамат. Начиная с этого времени мы видим Хаджи-Мурада на самых опасных участках военных действий, «на острие сабли имама».
Во время Даргинской экспедиции М. С. Воронцова в 1845 г. Хаджи-Мурад разгромил колонну, сформированную для доставки провианта блокированному в Дарго М. С. Воронцову. За два дня войска потеряли почти 1500 человек убитыми и ранеными, три орудия, весь обоз и двоих славных генералов: Пассека и Викторова. «Вместо хлеба и боевых припасов экспедиционный отряд принял на себя дополнительно еще более 7000 человек раненых», еще больше усугубив и без того плачевное положение наместника Кавказа.
Защита Гергебиля и Салтов, многочисленные прорывы и рейды на равнину, занятую войсками, включая дерзкий набег на Темир-Хан-Шуру, на Нухинский уезд в 1850 г., снискали Хаджи-Мураду огромную славу. Рейд Хаджи-Мурада 8 апреля 1848 г. в Темир-Хан-Шуру с целью выкрасть оттуда главного начальника края генерал-лейтенанта Орбелиани, вызвал панику у всего российского командования на Кавказе. В Шуре было сосредоточено до 25 тысяч солдат. Предприятие это было «просто безумным по своей смелости», когда с небольшим числом отчаянных удальцов, переодетых казаками, Хаджи-Мурад проник в город. Хотя непосредственной цели эта операция не достигла, тем не менее русское командование было вынуждено оставлять часть сил для прикрытия и защиты своих баз на равнине при последующих рейдах в горы. Хаджи-Мурад со своей летучей конницей мог появляться в самых неожиданных местах.
Постепенно слава Хаджи-Мурада стала опережать его самого. Если Шамиль был знаменем борьбы, то Хаджи-Мурад становился его душою. Его имя вдохновляло соратников, с ним связывали успех и удачу, его боялись враги (Аммаев М. А., 2002).
В 1848 г. при вторжении Шамиля в Самурский округ Хаджи-Мурад, командовавший отдельной партией, спустился со стороны ахтынских минеральных вод, где его ожидал полковник Мищенко с полуторатысячной кубинской милицией. «Встреча противников произошла самым оригинальным образом: один из разъездов, отправленный навстречу Хаджи-Мураду, «наткнулся на несколько десятков конных лезгинов», которые с криком «Хаджи-Мурад!» бросились в шашки. Разъезд пронесся назад с криками: «Хаджи-Мурад! Хаджи-Мурад!» Крик этот подхватила милиция, стоявшая на бивуаке и, вскочив на коней, рассеялась в смятении. Затем, соединившись с партиями Кази-Магомы и Даниель-султана, Хаджи-Мурад поспешил навстречу генералу Аргутинскому и вместе с ними участвовал в кровопролитном бою под Мискинджи».
1851 г. становится годом величайшей славы Хаджи-Мурада и переломным этапом в его судьбе. После взятия в плен из Джен-гутая Мехтулинской ханши, после набега на Шуру и появления на Нухинском почтовом тракте у Барабатлинской станции, когда в его руки чуть не попал поезд самого цесаревича, для Хаджи-Мурада, казалось, не было ничего невозможного.
