В период наибольших успехов Шамиля на значительной части Дагестана и Чечни сложилось новое государство горцев — имамат, основной функцией которого была защита от превосходящих сил царского режима и местных феодалов. Вся духовная и светская власть в государстве находилась в руках имама. Территория государства менялась в зависимости от успехов и неудач восставших горцев. Население имамата было разноязычным и разноэтническим, в нем насчитывалось до 50 народов и этнических групп Дагестана и Северного Кавказа. Шамилю и его сподвижникам удалось объединить многие народности и союзы сельских обществ, «разделенные между собою и природой, и языком, и обычаями», в один общий союз с единой военной, гражданской и духовной системой управления. Объединение горцев происходило на религиозной основе шариата, утверждавшегося вместо многочисленных и разнообразных адатных отношений в общественной жизни.
На территории имамата действовали введенные Шамилем новые законодательные нормы, вошедшие в историю как низа-мы по различным отраслям права: государственному, уголовному, гражданскому и семейному. Официальным языком в имамате был признан арабский, являющийся языком ислама и мусульманского права — шариата, а также языком делопроизводства.
Для решения особо важных дел в имамате в 1841 г. был создан государственный совет (диван-хана), состоявший из заслуженных и авторитетных людей, пользовавшихся доверием Шамиля. Зять Шамиля Абдурахман отмечал, что на совещаниях «имам излагал только сущность дела и высказывал свое мнение. Настойчивость имама могла иметь место в отношении только военных предприятий».
Дела чрезвычайной важности обсуждались на съездах наибов, алимов, других представителей местной власти и депутатов от народа. Такие съезды проходили в Дарго (1841), Алмаке (1845), Анди (1847), Ругудже (1851), Хунзахе (1859) и имели огромное консолидирующее значение.
В административном отношении имамат делился на наибства — военно-административные единицы, число которых менялось от 50 до 17 в зависимости от успешности военных действий. Наибы, назначавшиеся из представителей самых различных национальностей, обладали всеми правами военного и гражданского администратора, за исключением права смертной казни. Видными военачальниками Шамиля были Ахверди Магома, Шуаиб Ичкерийский, Хаджи-Мурад Хунзахский, Кибит Магома Телетлинский, Галбац-дибир Каратлинский, Лабазан Андийский, Ташик Чеченский и многие другие. Власть в ауле осуществляли выборные старшины. Гражданское судопроизводство на местах осуществлялось дибирами, муллами и кадиями, в пределах всего наибства — муфтием. Высшей же судебной властью обладал имам и его совет.
В период управления Шамиля была создана единая государственная казна — байтулмал, основными источниками которой были ханско-бекская собственность, мечетские земли, имущество провинившихся перед законом, подушная подать (закят) в размере 1/10 части от урожая, подать с горных пастбищ и некоторых селений, пятая часть военной добычи и другие поступления и налоги. Примечательной особенностью налоговой системы был дифференцированный подход к налогоплательщикам, в соответствии с состоянием хозяйства и платежеспособностью.
Продолжая линию первых имамов, Шамиль проводил и активную социальную политику. Истреблялась непокорная высшая феодальная знать, освободились от зависимости ханов и беков крестьяне 220 аулов в количестве 130 ООО человек, по существу было ликвидировано и рабство в горном Дагестане. Шамиль вменил в обязанность владельцам рабов снабдить их всем необходимым и обращаться с ними человеколюбиво. Казенную землю получали отличившиеся воины и наибы, перебежчики из царской армии, а также нуждавшиеся сельские общества.
Решительную борьбу вел Шамиль и с кровной местью, уносившей множество жизней и отвлекавшей народ от борьбы с внешним врагом. А. Руновский писал, что «реформы, произведенные Шамилем по части кровомщения, были немногочисленны, но по результатам своим очень капитальны». Было объявлено, что кровная месть должна быть направлена только на того, кто ее принял, а не на родственников убитого и убийцы.
Запрещались в стране танцы, музыка, пение, употребление табака и спиртного, а ослушавшихся жестоко наказывали. Многие селения, противившиеся воле имама и отказавшиеся от введения шариата, подверглись разрушению и переселению.
