Так завершилась Кавказская война, продемонстрировавшая всему миру примеры необычайного мужества и героизма горцев и главным образом аварцев. После окончания войны установить свою власть в Дагестане царское правительство сумело лишь в 1864 г. Окончательное присоединение Дагестана к России имело впоследствии и свои позитивные стороны, поскольку горские народы вели упорную борьбу не столько против присоединения к России, сколько против военно-колониальной политики царизма, проводившейся жестокими методами. Несмотря на преобладание колониальных, великодержавных, шовинистических элементов в российской политике на Кавказе, местные народы получили возможность экономически, политически и культурно развиваться в составе великого государства. В новых условиях горцы получили возможность покончить с феодальными междоусобицами, защиту от внешних вторжений в лице Российской империи, которая опережала по социально-экономическому и политическому развитию султанскую Турцию и шахский Ирак, пребывавшие в состоянии экономическою и политического кризиса.
Кавказская война заставила царскую администрацию тщательно изучать общественную организацию горцев дошамилевского периода и структуру имамата. Российская система управления, основанная на крепостном праве, была чужда традиционному образу жизни независимых горцев. Было решено «всеми средствами содействовать восстановлению адатов и сельского управления». Наместник Кавказа А. И. Барятинский отмечал, что «адат, не имея начала духовного, беспрепятственно покорится изменениям, тогда как изменения в шариате по самому его смыслу составляют уже вопрос совести и верованья мусульманина». Весь имевшийся опыт российской военной администрации на Кавказе применительно к Дагестану вылился в военно-народную систему управления, которая с незначительными изменениями существовала до 1877 г.
В Дагестане в целом и в Аварии в частности действовало специальное Положение об управлении Дагестанской областью и Закатальским округом от 5 апреля 1860 г. По новому положению страна получила статус отдельной области Кавказского края Российской империи, которая делилась на 4 военных отдела и 2 гражданских управления: Северный, Южный, Средний и Верхний Дагестан.
Управление Дагестанской области делилось на военное с местным населением и управление ханское и гражданское. Вся полнота административной власти принадлежала начальнику Дагестанской области, которому было «специально вменено держать народ в повиновении и пользоваться при этом в необходимом случае военными силами». Окружное управление составляли начальники округа, его помощник, военное управление, окружной суд (из депутатов от народа, кадия и делопроизводителя), врач или фельдшер. Округа делились на наибства. Наибами, как правило, назначались представители дагестанских национальностей из числа горцев-офицеров. Любое неподчинение властям каралось силой оружия, преданием военному суду, высылкой в административном порядке. Начальники отделов и округов должны были осуществлять строгий надзор «за расположением умов населения, за деятельностью судов, раскладкой повинностей и т. д. Сельское управление было основано на необходимости приспособления его к потребностям местной администрации. Сохранялись сельский сход (джамаат), сельский старшина, сельский кадий и суд».
Царская администрация довольно широко практиковал использование местных юридических и административных институтов, но вкладывала в них совершенно иное социальное содержание. Оказав сильное давление, царскому режиму удалось оформить отказ ханов от власти как «добровольный» шаг. В 1863 г., наряду с остальными, было ликвидировано Аварское ханство, а в 1867 г. и Мехтулинское ханство.
Феодалы, однако, не пострадали, поскольку получили крупные пенсии и единовременные пособия, крупные земельные участки и чины, сохранив при этом звания шамхалов, ханов. Ликвидации ханств способствовал рост крестьянского движения, вызванный злоупотреблениями и произволом местных феодалов.
К концу XIX в. в Дагестане было учреждено 9 округов: Аварский, Андийский, Гунибский, Даргинский, Казикумухский, Кюринский, Самурский, Темирханшуринский, а Хасавюртовский округ входил в состав Терской области (Дагестанский сборник. 1902).
