Учение этих «неоспиритуалистических» школ характеризовал как «мешанину» из плохо переваренных каббалистических, неоплатонических и герметических понятий, с грехом пополам сгруппированных вокруг двух-трех чисто современных идей. Критике спиритизма и теософии посвящены первые книги Генона: «Теософия, история одной лжерелигии» (1921) и «Спиритическое заблуждение» (1922). В 1912 г. он принимает ислам и арабское имя Абд-эль-Вахед Яхья (Служитель Единого). В 1927 г. Генон преподавал философию в г. Сетиф (Алжир), а в 1930 г. навсегда покинул Францию и переехал в Египет, где женился на дочери египетского шейха, возводящего свой род к Фатиме, дочери пророка Мухаммеда. Он живет жизнью традиционного мусульманского эзотерика: посещает мечеть, практикует постоянное взывание имени Божьего. К другим наиболее известным работам Генона относятся: «Царь мира» (1927), «Кризис современного мира» (1927), «Символика Креста» (1931), «Восточная метафизика» (1939), «Царство количества и знамения времени» (1945).
Генон является автором таких популярных терминов, как «средиземноморская традиция», «алхимическая традиция», «традиционное общество» и т. п. Сумел разграничить оккультизм, теософию и сопряженные с ним учения, с одной стороны, и истинный ортодоксальный эзотеризм – с другой, придав последнему легитимный статус в глазах известных европейских интеллектуалов (А. Жид, Элиаде, Юнгер, Эвола, А. Бретон и др.).
Обращение Генона в ислам не было ни экстравагантной выходкой, ни намеренным отступничеством от веры отцов: к смене религии его побудило осознание того, что христианство, сохранив внешнюю форму своих догматов и обрядов, превратилось в экзотерическую и чисто религиозную традицию. Крещение, по мнению Генона, стало виртуальным обрядом, не ведущим к духовной реализации – закреплению и развитию воспринятых во время этого таинства духовных влияний. Возможность такого рода реализации сохранилась лишь во внутренних эзотерических школах восточных традиций. Необходимое условие не только познания, но и подлинного бытия – приобщение посредством инициации к первозданной, Примордиальной (изначальной) Традиции, восходящей к первому из пророков – праотцу человечества – Адаму. Эта традиция является совокупностью нечеловеческих богооткровенных знаний. Она исходит непосредственно от Бога, является универсальным императивом, которому подчинена вся Космическая реальность.
Эта традиция передается от Посвященного к Посвященному, от Учителя к Ученику в узком кругу духовно избранных. Традиция многократно искажалась и фальсифицировалась. Она сохранилась лишь в ряде направлений. В Китае – в даосизме; в индуизме – в брахманизме и духовной йоге; в иудаизме – в каббале; в исламе – в суфизме; в католичестве – в христианском герметизме и некоторых духовных и рыцарских орденах; в православии – в исихазме и старчестве.
Генон не считал себя ни философом, ни создателем нового учения, а всего лишь глашатаем и толкователем извечных истин. Этот комплекс традиционных истин он именовал метафизикой, сущностно неизменным знанием, которое превосходит и отменяет любые философские и научные доктрины, являющиеся, по сути дела, ограниченными и близорукими человеческими измышлениями. Равным образом метафизика выше всех религий, которые можно считать ее адаптациями, если не извращениями. Метафизику нельзя отождествлять и с онтологией, учением о наиболее общих законах бытия, ибо бытие есть лишь проявление небытия и содержится в нем в потенциальном виде. Взятые вместе небытие и бытие составляют вселенскую возможность, которая последовательно проявляется в этих двух аспектах, подобных чередованию дня и ночи. Общий ход проявления состоит в движении от чистой духовности, равнозначной чистому бытию, к окончательному низвержению в материю, в которой находят свое воплощение самые низменные и даже зловещие возможности проявления. Процесс неуклонного «оплотнения» Вселенной, превращения качества в количество распространяется на все мыслимые объекты бытия. Земной рай превращается в каменный, кристаллический, а затем и металлический ад; в области общественных отношений теократия последовательно сменяется монархией, демократией и охлократией; в сфере мысли происходит постепенное помрачение высших принципов, которые становятся недоступными для большинства людей. В соответствии с общим ходом вселенского проявления, ведущего от Единого к множественности, сама Первозданная Традиция распадается на ряд отдельных и на первый взгляд независимых одна от другой форм, теряющих свой эзотерический характер и приобретающих характер религиозный.
В настоящее время человечество, по Генону, находится в железном (металлическом) веке – Кали-юге (согласно древним учениям, например, индуизму, низходящий цикл развития делится на четыре периода: золотой век, серебряный, бронзовый и железный) и пребывает в нем уже несколько столетий. Это век, когда духовность забыта, период деградации.
