Кардинал Манрике, архиепископ севильский, испросил у Карла I (1524 г.) назначения следствия по поводу всех обращенных во время восстания херманий и создания комиссии, которая должна была окончательно установить, было ли действительным крещение данных лиц, и указать меры по отношению к отступникам. Комиссия, созванная в Мадриде, заседала 22 дня и, несмотря на возражения отдельных богословов, в том числе упомянутого уже Венета, решила, что крещение является действительным и что поэтому следует рассматривать всех крещеных как обращенных в христианство со всеми вытекающими отсюда последствиями в случае отступничества, недостатка веры и неисполнения религиозных обрядов. Королевский декрет от 4 апреля 1525 г., утвердивший это решение, предписал крестить детей всех крещенных во время восстания херманий мавров, а каждую мечеть, в которой хоть раз отслужили мессу, считать католической церковью. В связи с этим декретом папа Климент VII (до избрания кардинал Адриан) обратился с посланием (16 июня), в котором рекомендовал соблюдать осторожность и милосердие при наказаниях и преследованиях.
Тем не менее эти меры вызвали волнения среди мудехаров; многие из них, с ведома своих сеньоров, бежали в горы; в то же время члены валенсийского суда обратились к следователям с просьбой действовать осмотрительно, ссылаясь на то, что процветание страны во многом зависит от мавров.
Подобные проявления противодействия рассердили короля, решительного сторонника религиозного единства, особенно после того, что произошло в Германии. Король выразил свое порицание сеньорам и, пообещав маврам неприкосновенность (обещание было исполнено), добился, наконец, того, что беглецы вернулись в свои поселения без кровопролития. Но вместе с тем король, решив довести дело до конца, повелел креститься всем мудехарам, даже тем, кто уже был обращен. Для этого нужно было нарушить клятву, данную (по примеру Фердинанда Католика) арагонским кортесам, не применять насилия при обращении мудехаров в христианство. Король обратился к папе с просьбой освободить его от клятвы; вначале папа отказал ему, но в конце концов уступил в том, что касалось религиозной стороны компромисса. Ясно, что политическую сторону вопроса он никак не мог урегулировать, ибо только кортесы могли освободить короля от выполнения данной им клятвы. Это произошло в мае 1524 г., вскоре после подписания приказа о мудехарах, обращенных херманиями. В папском послании выражалось недовольство тем, что сеньоры не способствуют обращению мавров, хотя проживание необращенных мавров на территории Валенсии, Арагона и Каталонии представляет политическую опасность ввиду возможности их сношений с африканскими маврами. Папа приказывал проповедовать маврам христианскую религию, а если по истечении известного срока они не примут ее — изгнать их из страны под угрозой вечного рабства, и поручал проведение этих мер инквизиции.
До 13 сентября 1525 г. король не прибегал к помощи папского послания, но в этот день Карл объявил сеньорам и самим маврам о своем решении обратить последних в христианство, обещая им в этом случае все привилегии, которыми пользовались христиане. Не католиками могли оставаться в Испании только рабы. Вслед за этим заявлением 3 ноября последовало обращение к великому инквизитору, сопровождаемое посланием Климента VII. Через несколько дней, 24 ноября, был опубликован общий эдикт об изгнании всех необращенных мавров, который должен был войти в действие в Валенсии 31 декабря 1525 г., а в Арагоне и Каталонии — в январе 1526 г. Напрасно протестовали арагонские кортесы и сеньоры, ссылаясь на клятву, данную королем, и на тяжелейший ущерб, который в случае исполнения декрета будет нанесен частной собственности и общему экономическому состоянию страны; напрасно в некоторых местностях (например, в Альмонасире, Кастильо де Марии, в сеньориях графа де Луны и графа де Аранды и т. д.) мудехары оказывали вооруженное сопротивление. Сломив это сопротивление, королевская власть не оставила маврам другого выхода, кроме обращения или изгнания, которое окончательно было назначено на 15 мая.