Кроме секретарей, имелись и другие высшие чиновники в центральной правительственной машине. При Карле I, ввиду того, что король надолго отлучался из Испании, была введена должность верховного правителя как до рождения принца Филиппа, так и в те времена, когда тот по малолетству не мог еще помогать отцу. В период борьбы с городами должность эту исполнял кардинал Адриан (с помощью совета), а позже помощниками правителя были назначены адмирал и коннетабль Кастилии. Их полномочия целиком определял данный им мандат, и мы уже указывали, насколько они были ограничены, если судить по инструкциям, которые вручал им для руководства король. Иногда должность правителя в отсутствие короля исполняла королева; в законодательстве, относящемся к Америке, часто встречаются подписанные ею документы. Принц Филипп также заменял отца, который, как мы знаем, настаивал на том, чтобы принц исполнял его функции, готовясь на практике к будущему царствованию. При Филиппе II и его преемниках должности правителя не существовало; позже Мариана Австрийская исполняла обязанности королевы — правительницы на правах опекунши своего сына, как это бывало и раньше при несовершеннолетних королях, например, при Фердинанде IV.
И Карл I и Филипп II имели личных советников (у Филиппа они были еще до вступления на престол, по особому назначению отца), не носивших звания секретарей. Иногда они образовывали совет, более или менее конфиденциальный, иногда выполняли свои функции каждый в отдельности, в соответствии с волей короля. Первым советником при Карле I был Гранвела; его сын, кардинал, носивший то же имя, был советником при Филиппе II; советниками были Руй Гомес де Сильва, герцог Альба и т. д. О их влиянии и о борьбе между ними (например, по вопросу о морисках) говорилось по разным поводам в разделе, посвященном политической истории.
Эти советники, зависевшие от воли монарха, не имевшие точно установленных функций, принадлежали скорее к разряду частных деятелей, которые на практике нередко пользовались очень большим влиянием, но официально не входили в аппарат управления и в силу своего временного и неопределенного положения не образовали особого института со своими функциями и распорядком. Правда, в первые годы царствования Филиппа II, совпавшие с личным возвышением Руй Гомеса де Сильвы, по инициативе последнего был образован особый государственный совет, в который входили Руй Гомес, Гранвела, герцог де Фериа, Антонио де Толедо, Бернардино де Мендоса — опытный политик и Хуан Манрике де Лара — эксперт по вопросам дипломатии. Но этот новый орган не укоренился; он просуществовал недолго, и функции его перешли к отдельным фаворитам, к секретарям или к таким влиятельным людям, как Гальсеран Альбанель, Мария де Агреда и другие, которые, стоя в стороне от политики или не занимая определенного положения при дворе, обращались — обычно безрезультатно — непосредственно к королям.
Напротив, значение старинного королевского совета, реорганизованного католическими королями, и специальных советов, как существовавших еще в конце XV в., так и новых, все возрастало. Они превратились в центральный аппарат управления, влияние которого продолжало расширяться, не преступая рамок, допускаемых монархическим режимом. В королевский совет часто входили упомянутые выше личные советники, о чем мы мимоходом говорили, описывая споры, разгоревшиеся по вопросу о Фландрии.
Организация королевского совета оставалась неизменной со времен католических королей вплоть до 1586 г. В 1586 г. Филипп II изменил его структуру, установив следующий состав: президент или правитель и шестнадцать правоведов, то есть увеличил число членов совета. Позже Филипп III ввел новое изменение (1608 г.), разделив совет на четыре палаты, названные палатой управления, судебной палатой, палатой тысячи пятисот и палатой провинций. Новая реформа, проведенная при Карле II (1691 г.), ограничилась увеличением числа оидоров-правоведов — до двадцати и введением в совет прокурора, должность которого существовала и раньше.