После того как кочевой мир распался и угроза нападений кочевников ослабела, казаки расселились по всей территории, увеличилось население, требовалась более авторитетная власть, более нормальная организация хозяйственного и экономического быта. Атаманы, как и правящий класс, выбирались при участии всего войска. Власть атамана в беспрекословной форме применялась лишь в походах и в военной обстановке, в мирной обстановке вся правящая среда зависела от казачьей массы. При сношении с московскими царями создавалась известная опора, поднимался авторитет атаманов, и они становились меньше зависимыми от избирателей. Участвуя в походах, атаманы и весь командный состав чинов не имели. Положение их в войсках определялось занимаемым положением. Но, находясь в подчинении московских воевод, они ставились в общую военную иерархию и несли ответственность соответственно их рангу, что естественным ходом событий должно было привести к возникновению военной элиты. Границы территории Дона сливались с границами московских владений, защита их требовала общего руководства и постепенно сосредотачивалась в руках центральной власти – Московского государства. Окраины были отдалены от центра их, Москвы, большими пространствами, оборона организована слабо, ощущался недостаток войск, и все это вместе взятое требовало от казаков активной деятельности, проявления личной инициативы по защите границ московских владений и собственной территории. На Востоке крылась еще угроза кочевого мира – и во время царствования Алексея Михайловича из глубин сибирских степей появилась очередная волна монгол-калмыков. Появление этих орд навело ужас нового нашествия монгол и потребовало новых оборонительных средств со стороны Москвы и казаков. Но, к счастью русского народа и казаков, орды эти не могли преодолеть всей оборонительной линии в нижнем течении Волги и даже Яика, разбились на отдельные кланы и потеряли напористость. Часть их принуждена была возвратиться в сибирские степи, часть же, под предлогом, что «земля всюду божья», не желала возвращаться в степи, кочевала по течению Волги, нападала на земли донских казаков и на окраины московских владений, постепенно превращаясь в подданных Москвы и расселяясь на землях донских казаков.
В таком положении в конце XVIII века находилось Войско Донское, как и их «молодшие войска» – гребенские и яицкие казаки. Днепровские казаки после неоднократных измен должны были прийти к неизбежному выводу, что совершенно независимое их существование без покровительства того или другого сильного соседа невозможно и участь их в дальнейшем связана с русским народом. Авантюрные идеи еще не были изжиты, но очевидно было, что Польша шла к полному упадку и надеяться на ее покровительство было безнадежно. Надежды на покровительство Турции также были изжиты, и даже ярый сторонник сближения с Турцией гетман Дорошенко принес присягу на службу московскому царю, принесло присягу Москве и Запорожье. Таким образом, все казаки историческим ходом событий возвращались к своим истокам и сливались с русским народом, от которого были оторваны со времени установившегося над Русью монгольского господства.
