Одним из тяжелых вопросов между Доном и Москвой было предоставление права убежища на Дону беглому люду. Массовое бегство из пределов московских владений вызывалось разными причинами, но главными из них были, во-первых, закрепощение за земельными владельцами крестьян-земледельцев, пользовавшихся раньше свободой перехода от одного землевладельца к другому. Вторая причина бегства на Дон – церковный раскол, возникший после начавшегося исправления церковных книг. Закрепощавшееся крестьянство бежало с целью найти более благоприятные условия труда и тянулось на Дон. Исправление церковных книг и изменение внешней формы обрядности – сложение троеперстного креста – оттолкнули много людей от церкви, и они, преследуемые правительством, искали убежища на окраинах и скапливались на границах Дона. Казаки были равнодушны к исправлению книг, они молились по книгам старого письма, продолжали также молиться и по исправленным, равнодушны были и к требованиям перстосложения. Но казакам была не понятна строгость, с которой правительство преследовало массы, не желавшие принять новых порядков, и с другой стороны – был не понятен фанатизм последних. Беглые в массах не допускались в пределы Дона, и скопление их происходило на его границах. Некоторые беглецы проникали на Дон, появлялись в Черкасске и вносили смуту среди казаков. Церковный раскол превращался в бунт против церкви, патриарха и царя. Укрываясь в оврагах, лесах, беглецы создавали скиты, откуда распространялась проповедь непримиримости к новым церковным исправлениям и к личности царя. Церковный раскол превращался в народный мятеж. Чтобы избавиться от наплыва беспокойного элемента, казаки принимали решительные меры – разгоняли скопища, разрушали скиты, некоторых исключительных фанатиков наказывали или отправляли в Москву. Со стороны московского правительства тоже шли требования, чтобы казаки разгоняли скопища, собиравшиеся на границах, казаки требования выполняли, но избавиться окончательно от этих скопищ было невозможно. Преследуемые со стороны правительства, донских казаков, беглецы уходили на Кубань и отдавались под покровительство турецкого султана. Бахмутский район, где производилась главная добычи соли, был наполнен беглым людом, и пребывание их на Дону прикрывалось правом: «С Дона выдачи нет».
Днепровские казаки имели иную историю. Имея «одни и те же истоки происхождения, формируясь в тех же условиях, в ходе исторически менявшихся событий они оказались с XIV столетия под влиянием народов, чуждых им по крови и религии. В то время когда донские, гребенские и яицкие казаки после распада Золотой Орды служили московским царям, днепровские казаки состояли на службе первоначально литовских, а затем польских королей. И днепровские и донские казаки сохранили независимость от власти, которой они служили, но ни те, ни другие не избежали влияния государственных порядков Москвы и Польши. Это влияние сказывалось на быте всех казаков, но главным образом на характере казачьего правящего слоя. Особенностью же государственного устройства Польши, под влиянием которой в скором времени оказались и Литва, и запорожские казаки, было то, что власть королей находилась в полной зависимости от дворян или шляхты. Поэтому запорожские казаки были не знакомы с авторитетом королевской власти и совершенно не считались с ее требованиями. Это значило, что конфликты между казачеством и Польшей были неизбежны.
