В этих конфликтах религия играла не последнюю роль. Неприятие казаками католичества вылилось в вооруженные конфликты с польской властью, после чего запорожские казаки, сохраняя православие, искали убежище под властью Москвы. Переходя под власть московского царя, казаки сталкивались с твердой властью не только царя, но и воевод. В подданстве московских царей днепровские казаки попадали в худшие условия, нежели донские казаки. К ним не было доверия и применялся более строгий контроль, что сказывалось прежде всего на правящей казачьей среде. Гетманы не могли мириться с непривычно твердой властью московских царей и возвращались под власть польских королей, ограниченную польской знатью. Непостоянство их к власти, под покровительством которой они находились, не внушало к ним доверия, и польза их военной службы не могла высоко цениться. К концу XVII столетия во главе днепровских казаков был энергичный и деятельный гетман Мазепа. Он сумел внушить в московских правящих кругах большое к себе доверие, и деятельность его высоко ценилась в Москве. Но, пользуясь доверием в Москве, Мазепа тоже тяготился зависимостью от московского царя, таил в душе надежду вырваться из создавшегося положения и установить войсковую независимость. Требования со стороны московского правительства были решительные, и многие гетманы за свои ошибки подвергались царской немилости, а некоторые побывали и в ссылке в далекой Сибири. Многие с более гибкими характерами приспосабливались к требованиям Москвы, охотно принимали жалуемые им чины, земельные угодья и превращались в верных слуг московского царя. Мазепа, располагая доверием казаков и московского правительства, состоя на службе и внешне выражая покорность, искал случая, чтобы возвратить независимость Войску и найти авторитетную власть, способную обеспечить казачьи вольности.
Таким образом, к началу царствования императора Петра I все казачьи войска – донские, днепровские, гребенские и яицкие – находились под властью московского царя, сохраняя независимость своего внутреннего быта и исторически сложившихся обычаев, но обязанные служить московскому царю. В силу общих исторических событий все казачество шло к неизбежному и окончательному слиянию с русским народом под властью московского царя.
Ко времени царствования Петра I как на западных границах московских владений, так и на Черноморском побережье и Турции произошли существенные изменения. На севере Швеция превратилась в одну из мощных военных держав, на исторической сцене которой появился энергичный, воинственный король Карл XII, занявший шведский престол. Завоевания Карла XII поставили в зависимость от него германские княжества, Саксонию, Силезию, он полностью овладел Польшей, изгнав союзного Москве короля Августа, поставив на его место Станислава Лещинского. Во владении Швеции находилось и все восточное побережье Прибалтики. Польша после установившегося господства Швеции теряла политическое значение на западных границах московских владений, и Москва ставилась в напряженные отношения со Швецией и народами, находившимися под властью их воинственного короля. Турция теряла свой военный престиж среди европейских народов, и против нее создавался союз с целью изгнания ее из пределов европейского материка, к чему примыкала и Москва. Король Польши Ян Собесский уступил Москве Киев, с условием, чтобы Москва помогала ему в борьбе с Турцией, и при правлении царевны Софьи предпринимались против Турции военные походы. Москва более прочно становилась на путях к Крыму и побережью Черного моря. Положение это не могло не отражаться на отношениях с Москвой донских и днепровских казаков. Казаки принуждены были мириться с возраставшим влиянием московского правительства, и для днепровских казаков переход на службу польского короля, по примеру прежних времен, был закрыт – Польша потеряла независимость и сама находилась под властью иноземного завоевателя. Возможность для днепровских казаков избавиться от зависимости Москвы крылась в назревавшей войне между Москвой и Швецией, с условием победы последней.
Решительная ставка в расчете на победу шведского короля и возможный выход из-под власти московского царя была поставлена гетманом Мазепой и имела драматические последствия.
После того как царевна Софья была удалена в монастырь, власть перешла к Петру. Официально продолжалось двоецарствие, так как Иоанн, старший сын Алексея Михайловича, по-прежнему оставался великим государем, хотя и не оказывал никакого влияния на правление страной.
