В 1720 году царь Петр пожаловал Войску Донскому грамоту, в которой писал: «Ты, войсковой атаман, был в обоих азовских походах, потом в Польше в калишском сражении и прочих битвах, да во время воровского на Дону возмущения, оставя дом, жену и детей в Черкасске, бежал в Азов, откуда над бунтовщиками чинил поиски, а в 1717 году был с 1000 казаками в Финляндии и в генеральном сражении под Азой поступал радетельно, в 1717 г. же в приход кубанского Бахты-Гирея с малым числом превосходную его силу разбил. За таковую службу тебя, войскового атамана, и Войско Донское пожаловать знаками милости признали. Тебе, войсковому атаману, послан наш Царского Величества портрет алмазами украшенный». Таким образом, за время тяжелых, непрерывных войн, тяжелого мятежа, пережитого на территории Дона, заслуга донских казаков была царем отмечена милостивой грамотой и наградой атаману Войска.
Изменения во внутренней жизни казаков продолжались и сводились к одной цели – ограничению их независимости. Основное ограничение независимого положения казаков было положено указом 1700 года, которым запрещенные отныне войсковые Круги заменялись собранием станичных атаманов и двух выборных лиц от станиц. Войсковой Круг мог теперь созываться лишь в особых случаях и только, когда атаман и старшина найдут нужным. По-прежнему оставались лишь станичные сборы. Утвержден был новый порядок наряжать казаков на службу по очередям, порядок, существовавший в течение всей истории донских казаков до 1917 года.
При гетмане днепровских казаков учреждена была коллегия для контроля его деятельности. Присутствие этой коллегии вызывало недовольство казачьей старшины, и среди казаков распространялись универсалы с жалобами на решения коллегии. В 1722 году скончался гетман Скоропадский, заместителем его был назначен Полуботка, которого Петр недолюбливал. Он был вызван в Москву, и ему было предъявлено обвинение в рассылаемых универсалах для казачьей черни. Он был посажен в крепость вместе с писарем, где и умер.
В сношениях с донскими казаками Петр произвел существенное изменение. 16 марта 1716 года, после учреждения правительственного Сената, Войско Донское переводилось из ведения Посольского приказа в ведение сената. Донская епархия теряла свою самостоятельность и была подчинена воронежскому митрополиту. Донские монастыри, находившиеся на территории Воронежа: Троицкий-Борщев, основанный в 1553 году, Черниев-Никольский – 1615 года и Девичий-Покровский, основанные донскими казаками для донских казачек, были также переданы в ведение воронежского митрополита.
Царем Петром были приняты некоторые улучшения во внутреннем казачьем быту. После принятого на Дону в 1695 году права свободного земледелия Петр приказывал в землях Войска разводить сады и огороды, сеять хлеб, сколько необходимо для домашнего обихода. Из Франции Петр выписал виноделов, и в районе Цымлянской станицы были разведены виноградники.
После окончания войны на Западе Петр перенес внимание на Восток. Он задался грандиозным планом – установить через Россию торговые пути из Европы в Азию. Петербургский порт и Рига были начальными пунктами на Западе. Для движения на Восток Петр использовал систему рек и соединил вышневолоцким каналом Западную Двину с Волгой. Водное сообщение, таким образом, шло от Риги и Петербурга до Астрахани и дальше в Каспийское море. Соединение Волги с Доном искусственным каналом оказалось не оконченным и заброшенным и идея соединения Волги с Азовским и Черным морями – не осуществленной. По плану царя, Россия должна была стать посредницей в торговле между Западом и Китаем, Индией и Персией.
В 1719 году Петр снарядил посольство в Китай для установления торговых связей. Но китайцы ответили, что торговля у них считается делом ничтожным. В это время сибирский генерал-губернатор Гагарин донес, что в Сибири близ города Эркети на реке Аму-Дарья добывается песчаное золото. С целью поисков в Хиву был направлен военный отряд в 1500 яицких казаков, 500 терских и 100 драгун под начальством Бека-Черкасского. Отряд двигался от Астрахани сухим путем. Достигнув пределов Хивинского ханства, отряд Бека-Черкасского был неоднократно атакован конницей хивинцев. Успешно отбиваясь, отряд благополучно прибыл в ставку хана. Хан принял Бека-Черкасского радушно, но восточное радушие обернулось вероломством – отряд русских был окружен и пленен. Часть отряда вырвалась из окружения и, без проводников пробираясь к России, погибла в безводной пустыне. Бек-Черкасский и бывший при нем князь Заманов были обезглавлены. В задачу Бека-Черкасского входило, кроме разведки о золотых приисках, ознакомиться с путями, идущими через Туркестан в Индию. В России ходили слухи, что Аму-Дарья прежде впадала в Каспийское море, и казалось, что если бы ее обратить в прежнее русло, то можно бы было от Астрахани водою переправлять товары до Индии.
