В марте — апреле в Черноморской губернии появились крестьянско-казачьи союзы, а на собравшемся 14 июня съезде крестьянских и казачьих депутатов они были преобразованы в Советы крестьянских и казачьих депутатов. В некоторых селах Черноморской губернии образовались крестьянские Советы. В ряде случаев крестьяне смещали представителей старой власти (волостных старшин, сельских старост, урядников) и создавали свои исполнительные комитеты, отряды дружинников, милиции. Позже Советы в регионе приступили к формированию отрядов Красной гвардии.
Победившая буржуазно-демократическая революция активизировала национальное движение народов Северного Кавказа. Мусульманские лидеры 1 мая созвали во Владикавказе съезд горцев Кавказа, провозгласивший создание «Союза объединенных горцев» в составе Кабарды, Осетии, Чечни, Ингушетии, Черкесии, Карачая и Дагестана. Съезд избрал духовное мусульманское управление во главе с Н. Гоцинским. Представители «Союза объединенных горцев» развернули агитацию за создание местных национальных комитетов. Лидеры нового движения заявляли о поддержке Временного правительства и в то же время провоцировали местное население антирусскими и антиказачьими лозунгами.
Таким образом, в регионе шел процесс формирования взаимоисключающих систем органов власти и управления. В этой связи в специальном приказе комиссар Временного правительства К. Л. Бардиж разъяснил, что гражданские комитеты не" являются органами власти, они всего лишь выразители общественного мнения.
В начале июля, с получением известий из Петрограда о взятии всей полноты власти Временным правительством, Кубанская войсковая Рада объявила о роспуске Кубанского областного Совета, гражданских комитетов, станичных Советов, о восстановлении полноты власти в станицах атаманов, в селах — старшин. Специальным распоряжением от 9 июля К. Л. Бардиж передал всю полноту власти Кубанскому войсковому правительству.
Однако Советы сохранялись и даже возникали новые. В августе были образованы Кубанский областной горский совет и горский комитет во главе с Султан Шахим-Гиреем, который вошел в состав Кубанской Рады. Но с усилением распада российской государственности национальное движение горцев становилось все более самостоятельным. 20 сентября во Владикавказе ЦК «Союза объединенных горцев» созвал II съезд горцев Кавказа, который, обсудив вопрос об автономном устройстве горских народов, объявил «Союз горцев» полномочным правительством, независимым от России.
Чувствуя обострение ситуации, казачьи лидеры обсуждали на общеказачьих конференциях в Новочеркасске и Екатеринодаре вопросы создания сильной власти, проблемы федерализации. В конце сентября — начале октября 2-я краевая Рада провозгласила себя верховным органом не только войска, но и всего Кубанского края.
17 октября было принято «Временное положение о высших органах власти в Кубанском крае». Согласно новому положению управление в области передавалось Кубанской Раде, куда должны были войти представители казаков, горцев и коренных крестьян (постоянно проживавших в крае не менее трех лет). Из числа своих членов Кубанской Раде предстояло сформировать Законодательную Раду, избрать войскового атамана. Исполнительную власть должно было олицетворять войсковое правительство из десяти человек, трое из которых были представителями горцев и иногородних. Это обеспечивало казачеству преобладающие позиции.
Однако в самом казачестве не было единства. Существовали противоречия относительно будущего Кубани. Некоторые казачьи лидеры выступали за федеративное устройство. К ним относились «черноморцы» (среди них Н. С. Рябовол, ставший председателем Законодательной Рады, и Л. Л. Быч, избранный в ноябре 1917 г. председателем Кубанского краевого правительства), они были сторонниками широкой автономии Кубани, «самостийного» ее существования, а после захвата власти большевиками и провозглашения независимости Украины искали с ней сближения. Другая часть — «линейцы» (к которым принадлежал избранный 12 октября войсковым атаманом полковник А. П. Филимонов) — поддерживала идею развития Кубани в составе единой и неделимой России. Борьба между этими группировками не прекращалась вплоть до окончания Гражданской войны и стала одной из причин крушения Белого движения на юге России.
Попыткой стабилизировать ситуацию было заключение 20 октября во Владикавказе договора о создании «Юго-восточного союза казачьих войск, горцев Кавказа и вольных народов степей». Потеряв надежду на Временное правительство, его участники собирались создать сильную власть на казачьих территориях. С 16 ноября в Екатеринодаре стало действовать объединенное правительство «Юго-восточного союза» во главе с членом ЦК партии кадетов В. А. Харламовым.