В условиях Гражданской войны, международной интервенции и тяжелейшего экономического положения в стране согласно решению III Чрезвычайного съезда Советов Кубано-Черноморской республики начался усиленный вывоз продовольствия в революционный центр. Использование принудительных мер, реквизиции привели к тому, что на исходе весны 1918 г. на территории Кубанской области вспыхнули вооруженные мятежи.
В августе 1918 г. Добровольческая армия под командованием генерала А. И. Деникина, возглавившего армию после гибели Корнилова, развернула крупномасштабное наступление на Кубань. Четвертого августа белые взяли Екатеринодар. Но красные не были сломлены. В восточной части Кубанской области сосредоточилась Красная Армия Северного Кавказа под командованием И. Л. Сорокина. Она насчитывала до 150 тысяч бойцов, 200 орудий. Армия пополнялась в основном иногородними крестьянами. Красные сумели отбить у белых Ставрополь и Армавир. Но удержать эти города не удалось.
В то время как верные большевикам воинские части отступали, а Добровольческая армия наступала, грузинские воинские подразделения перешли границу в районе Адлера. Как писали газеты в Тбилиси, целью военной акции было решение грузинского правительства «восстановить» границы своего государства XIV в.
Пятого июля части грузинской национальной гвардии заняли Сочи, 13 июля — Туапсе, затем продвинулись по линии железной дороги до станции Хадыженск, по побережью — до Архипо-Осиповки, Пшады и Михайловского перевала. Правительство Н. Жордания объявило о «временном» присоединении Сочинского и Туапсинского округов к Грузинской Демократической Республике. Грузинские части были остановлены под Туапсе отступавшей Таманской армией, а затем вытеснены с территории Черноморской губернии Добровольческой армией.
События Гражданской войны полны примеров, свидетельствовавших о том, что социальное происхождение и линия поведения участников революционных катаклизмов далеко не всегда совпадали. Это наглядно проявилось на примере Таманской армии.
Возглавляли части таманцев два бывших офицера царской армии Е. И. Ковтюх и Г. Н. Батурин, которые сражались против белых вместе с кубанцами, моряками-черноморцами, оставшимися в Новороссийске после потопления Черноморской эскадры украинскими частями, отступавшими от Крыма.
В ноябре 1918 г. последние верные большевикам части покинули территорию края. Главнокомандующий Вооруженными Силами Юга России (ВСЮР) генерал А. И. Деникин восстановил прежнюю казачью администрацию, считая казачество важнейшей частью антибольшевистского движения. Была воссоздана и прежняя структура административно-территориального деления. В Черноморской губернии функции губернатора выполнял генерал А. П. Кутепов. В городах появились градоначальники, жандармерия, полиция, в селах и деревнях возрождалась волостная и сельская администрация.
Пятого декабря 1918 г. Кубанская Рада в соответствии с «Временным положением об управлении Кубанским краем» преобразовала Кубанскую область в Кубанский край. С этого времени и до конца марта 1920 г. Екатеринодар считался краевым центром. Подобные образования возникли на Дону, Тереке и других казачьих территориях. Однако подходы у всех были разные. Кубань и Дон стремились к широкой автономии, горцы — к отделению от России, а командование ВСЮР — к единой и неделимой России.
Казачьи лидеры искали свой путь развития Кубани, но этому мешали старые разногласия. После отставки М. П. Бабыча сменилось три войсковых атамана, пять председателей правительства, а составы правительства менялись девять раз.
Кубанская Рада стремилась вести свою независимую политику. Еще в августе 1918 г. она развернула активную внешнеполитическую деятельность. При Кубанской Раде были аккредитованы представители правительств из Астрахани, Минска, Киева, Всевеликого Войска Донского, Грузии, Армении, Азербайджана, Персии. В начале 1919 г. Кубанская Рада послала свою делегацию на Парижскую (Версальскую) мирную конференцию, пытаясь добиться включения Кубани в Лигу Наций в качестве полноправного члена мирового сообщества.
Осенью ЦК РКП(б) дал указание наркому иностранных дел Г. В. Чичерину начать переговоры с парижскими представителями донского и кубанского белоказачьих правительств, которые обратились в СНК с предложением о мире.
Командованию Вооруженными Силами Юга России стало известно также о том, что делегация Кубанской Рады подписала с горским меджлисом в Тифлисе Договор дружбы, в котором обещала поддержку горцам, борющимся против Деникина. Главнокомандующий ВСЮР объявил этот договор незаконным. В ответ Кубанская Рада стала подтягивать в Екатеринодар свои войска. Дело закончилось арестом и казнью некоторых вождей кубанской «самостийности».
По приказу А. И. Деникина некоторые члены парижской делегации были арестованы и преданы военно-полевому суду. Что касается самой Кубанской Рады, то на этом закончились ее искания «третьего пути».
