Свадебные книги позволяют установить, что за двумя царскими женами — Анной Колтовской и Анной Васильчиковой — стояла влиятельная боярская группировка из ближней, «дворовой» думы — Тулуповы, Колычевы, Мансуровы и некоторые другие роды. На свадьбе царя с Васильчиковой присутствовало около двух десятков Колычевых. Окольничий князь Борис Тулупов, который вместе с боярином Василием Ивановичем Умным-Колычевым фактически возглавлял «дворовую» думу, сидел на скамье возле молодых; ранее он выдал свою двоюродную сестру замуж за царского шурина Григория Колтовского.
Руководству ближней думы не удалось надолго закрепить свое влияние на царя. Малютина родня скоро потеснила царских шурьев. Уже в августе 1574 года окольничий Дмитрий Годунов успешно тягался местами с Василием Ивановичем Умным-Колычевым. А годом позже произошло какое-то крупное столкновение между Борисом Годуновым и князем Борисом Тулуповым, которое решило исход борьбы: вотчины Тулупова были отняты у него и переданы Годунову «за бесчестье». Затем последовали казни. Погибли отец и дядя Анны Колтовской, многие Колычевы, Мансуровы и князь Борис Тулупов. Подробности дела не сохранились. Кажется, пострадавшая сторона была настроена весьма решительно. Горсей пишет, что князь Борис Тулупов был уличен в заговоре против царя и сношениях с опальной знатью.
Недовольство действительно давало себя знать весьма сильно. Московское государство переживало тяжелые времена. Трехлетний голод и мор положили начало «великому разорению» русской земли, усугубленному упадком торговли и, как следствие, сокращением поступлений в казну. Воссоединение опричнины и земщины не внесло умиротворения в государство. Роптала боярская дума, не восстановленная в своих полномочиях; бывшая опричная знать, недовольная отменой привилегий, негодовала на царя не меньше земской. Штаден, покинувший Россию около 1576 года, писал, что к царю «не чувствуют расположения ни духовные, ни миряне» и что «его собственные русские немедленно окажут поддержку» чужеземному монарху, который вознамерится лишить Грозного престола. Лишенный всего опричник со злости сильно преувеличил размеры недовольства; но не подлежит сомнению, что под его словами могли подписаться многие из его бывших собратий.
Иван почуял угрозу со стороны своего окружения и принял свои обычные меры. Прологом к разгрому «дворовой» думы стала казнь Елисея Бомелия (1575). Царскому астрологу не нужно было гороскопа, чтобы заметить, что над «двором» сгущаются тучи. Будучи человеком неглупым, он предпочел исчезнуть. Но ему не повезло. Какое- то время спустя в Пскове был задержан подозрительный иностранец, кафтан которого оказался нашпигован зашитым под подкладку золотом; при нем нашли два письма — не то зашифрованных, не то просто написанных на латинском и греческом языках. В Москве немчина опознали: это был Бомелий, переодевшийся слугой и отрастивший бороду; как всякий предсказатель, он проявил вопиющую неосведомленность относительно своей собственной судьбы.
Письма, обнаруженные у лейб-медика, каким-то образом бросили тень на Новгородского архиепископа Леонида. Владыку объявили сообщником Бомелия — они будто бы сносились шифрованными письмами с королями Швеции и Польши и пересылали им деньги (Горсей, хорошо осведомленный в деле Бомелия, передает, что последний в самом деле переправил много золота к себе на родину, в Вестфалию). Леонида, кроме того, обвинили в колдовстве и мужеложстве. На архиепископском дворе действительно жили какие-то «ведуньи» и «волхвы»: они были четвертованы и сожжены еще до конца следствия. Возможно, Бомелий приохотил Леонида к астрологии и гаданию о будущем. Подобные занятия, предосудительные и для мирян, были совершенно недопустимы для священнослужителя. Что касается обвинения в содомском грехе, то проверить его, разумеется, нельзя. Заметим только, что содомия была широко распространена в русском обществе того времени. Записки иностранцев свидетельствуют, что этому занятию предавались вполне открыто, — например, в кабаках, прямо на лавках. Имеются сведения о причастности к содомии и отдельных священнослужителей. Митрополит Макарий неоднократно выступал с речами и посланиями против этой пагубной приверженности своей паствы.
Леонида и Бомелия подвергли пыткам. «Епископ все признал под пыткой, — пишет Горсей, — Бомелий все отрицал, надеясь, что что-то переменится к лучшему с помощью некоторых его доброжелателей, фаворитов царя, посланных посетить царевича Ивана, занятого пыткой Бомелия». Архиепископа осудили, не дожидаясь, пока развяжется язык у лейб-медика. Псковский летописец, по слухам, записал, что царь приказал зашить Леонида в медвежью шкуру и затравил собаками. Более достоверны сведения Горсея: «Его заключили пожизненно в тюрьму, он жил в темнице на хлебе и воде с железами на шее и ногах; занимался писанием картин и образов, изготовлением гребней и седел». Он умер в том же 1575 году, 20 октября.