Победа на юге позволила царю вновь сосредоточиться на ливонских делах. В начале зимы 1572 года Иван с войском вторгся в Эстонию, чтобы наказать шведского короля, который так и не прислал своих послов. Вместе с царем московские полки возглавляли касимовский хан Саин-Булат и король ливонский Магнус (последний, впрочем, был доставлен к царю насильно и находился скорее на положении пленника, нежели воеводы). Ливонские дворяне беззаботно праздновали святки в своих замках и не ожидали нападения. Веселые пиры повсюду заканчивались пожарами и похоронным звоном: московская рать по приказанию Грозного не щадила никого и ничего. Сопротивления не было до самой Пайды (Вейсенштейна), где заперлись полсотни шведских солдат. Гарнизон при поддержке жителей оказал упорное сопротивление всему огромному царскому войску. Дело дошло до того, что решающий приступ 1 января 1573 года пришлось возглавить самому Малюте Скуратову. Увлекаемые им, русские ратники овладели крепостной стеной и ворвались в город, но Малюта не увидел победы: он был сражен в числе первых храбрецов, взобравшихся на стену.
Передают, что в отместку за его гибель Иван отправил на костер всех пленных шведов и немцев. Тело Малюты царь отправил для погребения в Иосифо-Волоцкий монастырь, где находился фамильный склеп Скуратовых-Бельских. Царский вклад «по холопе по своем по Григорье по Малюте Лукьяновиче Скуратове» был необыкновенно щедр — больше, нежели Иван давал по собственным дочерям, брату и трем женам. Вдова Малюты получила пожизненную пенсию, равную окладу служилого человека довольно высокого ранга — единственный случай в XVI веке! — и вся его многочисленная родня пользовалась неизменным уважением и доверием царя. Мы вряд ли ошибемся, сказав, что Иван любил этого человека и, как видно на примере брака с Марфой Собакиной, доверял ему больше, чем себе. Но чем заслужил Малюта такое расположение Грозного, какие отношения связывали их — эти вопросы остаются неразрешимой загадкой ввиду почти невероятной скудости материалов о жизни главного опричного «паразита и маньяка».
Удрученный смертью любимца, Иван остановил дальнейшее наступление и возвратился в Новгород. Московские послы повезли в Стокгольм новое ругательное письмо царя. «Скажи, чей сын отец твой? — спрашивал Грозный. — Как звали вашего деда? Пришли нам свою родословную; уличи нас в заблуждении: ибо мы доселе уверены, что вы крестьянского племени. О каких древних королях шведских ты писал к нам в своей грамоте? Был у вас один король Магнус, и то самозванец: ибо ему надлежало бы именоваться князем…».
Ответом на это письмо стало поражение при Лоде, которое шведы нанесли Саин-Булату, возглавившему московское войско после отъезда царя. Согласно ливонским хроникам, шведов было всего 2000 человек, москвитян и татар 16 000, но они позорно бежали, бросив знамена, пушки и обоз. Сражение при Лоде показало, как трудно дворянскому ополчению одержать верх над регулярной армией. Сменив тон, Иван известил Юхана, что ожидает его послов для заключения справедливого мира. Впрочем, на стилистику царской грамоты повлияло не столько поражение московского войска, сколько восстание в Казанской земле луговой и горной черемисы. Опасаясь, как бы Крым не оказал помощи восставшим единоверцам, Иван спешно двинул в Казань многочисленную рать. К счастью, воеводам не пришлось вести войско дальше Мурома: черемисы, испугавшись, изъявили покорность.