Отношения Грозного со старшим сыном, царевичем Иваном, всегда были сложными. Царь, без сомнения, любил его и, видя в нем достойного наследника, заботился о его воспитании и образовании. Но, как настоящий домостроевский глава семьи, Грозный деспотически вмешивался в жизнь своего сына, чем основательно искалечил ее. Желая приобщить царевича к государственным делам и привить ему свое понимание самодержавия, он заставлял юношу принимать участие в опричных расправах и разделять его образ жизни. Картины жестокости и кровопролития разрушающе действовали на психику царевича, который уже в молодые годы приходил в неистовое возбуждение от вида крови. По свидетельству Шлихтинга, «когда он проходит мимо трупов убитых или снятых с шеи голов, то являет дух, жаждущий еще большей кары, скрежещет зубами, наподобие собаки, ругается над трупами, поносит их, а также протыкает и бьет палкой всех их, укоряя убитых за неверность в отношении к его отцу, великому князю Московскому. А коль скоро насытит он глаза жестокостью, то в конце концов возвращается к отцу». Казни, которые для Грозного явились результатом его жизненных отношений, завершением целого периода становления его характера и которые порой вызывали в нем покаянные раздумья, для царевича Ивана были простой данностью, ничем не обусловленной и потому не подлежащей осмыслению и моральной оценке.
Кроме того, царь бесцеремонно вторгался в личную жизнь своего сына, женя и разводя его по собственному усмотрению. Царевич Иван был женат трижды: первым браком на Евдокии Сабуровой, вторым на Параскеве Соловой и третьим на Елене Шереметевой. Первая и вторая жены были по приказанию царя пострижены в монахини. В семейной жизни старшего сына Грозный учинил такой же бедлам, как и в своей собственной.
Разделяя жестокосердие и безнравственность отца, царевич Иван разделял вместе с тем и его литературные вкусы. Он был образован, начитан и сам пробовал свои силы в литературе. Им написано «Покаянное житие святого Антония Сийского», а также служба и похвальное ему слово. Служба предваряется словами: «Писано бысть сие многогрешным Иваном Русином, родом от племени Варяжска, колена Августова, кесаря Римского, в лето 7087». Как видно, царевич был не чужд как родословного высокомерия, так и иронической самоуничижительности своего отца.
В отношения Грозного с сыном роковым образом вмешивалась политика. Царевич Иван был окружен родственниками его матери, боярами Захарьиными, которые давно утратили доверие и расположение царя, но сохраняли влияние на его старшего сына. Грозный боялся, как бы Захарьины не впутали царевича в придворные распри. Эти подозрения зашли так далеко, что в 1570 году, во время приезда в Москву Магнуса, царь официально заявил о возможном лишении своего старшего сына прав на престол. Присутствовавший при этом датский посол сообщает, что Грозный обратился к Магнусу со следующей речью: «Любезный брат, ввиду доверия, питаемого ко мне вами и немецким народом, и преданности моей последнему (ибо сам я немецкого происхождения и саксонской крови), несмотря на то, что я имею двух сыновей — одного семнадцати, другого тринадцати лет, — ваша светлость, когда меня не станет, будет моим наследником и государем моей страны, и я так искореню и принижу моих неверных подданных, что попру их ногами». Из последних слов царя очевидно, что вся речь имела целью лишь напугать «неверных подданных», однако эти опрометчивые заявления, сделанные при боярах и послах, вызвали сильное раздражение у царевича и его окружения. Семнадцатилетний Иван уже обладал нравом не менее крутым, чем у его отца. Шлихтинг засвидетельствовал, что «между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв, и многие пользующиеся авторитетом знатные люди с благосклонностью относятся к отцу, а многие — к сыну…».
Хотя после этого царь уже больше никогда не ставил под сомнение права старшего царевича на престол, раздоры в царской семье возникали и позднее. Переговоры об отъезде царя в Англию только подливали масла в огонь. Доходило до того, что Грозный беспощадно избивал сына… В последние годы Ливонской войны отношения между отцом и сыном чрезвычайно обострились. Польские лазутчики доносили, что царь не может «полностью положиться на тех, кто его окружает: даже сыновья с отцом в несогласии». Болезнь Грозного в 1579 году вызвала у многих надежду на скорую кончину царя. Взоры бояр обратились к наследнику, и это не могло не вызвать у Грозного мучительных подозрений в его верности. Современники отмечали, что царевич Иван пользовался любовью в народе и земщине. По словам Горсея, царь имел причины «негодовать на царевича за его влияние и за слишком хорошее мнение о нем народа». Царевич ничем не заслужил подобной любви; основную роль здесь играли обычные ожидания людей на перемены к лучшему при смене власти.