Серьезные изменения, связанные с назначением наказания и освобождением от наказания, были внесены в Уголовный кодекс Федеральным законом от 9 марта 2001 г. Здесь нужно отметить: значительное расширение круга лиц, которым отбывание лишения свободы может быть назначено в колониях-поселениях; столь же значительное для всех категорий осужденных (кроме отбывающих наказание в виде пожизненного лишения свободы) сокращение сроков наказания, по отбытии которых лицо может быть условно-досрочно освобождено; допущение возможности замены неотбытой части наказания более мягким видом наказания для лиц, отбывающих лишение свободы за преступление любой степени тяжести (а не только за преступления небольшой или средней тяжести, как было в первоначальной редакции УК); возможность отсрочки отбывания наказания женщинам, имеющим детей в возрасте до четырнадцати лет (вместо восьми лет, как было ранее), до достижения ребенком четырнадцатилетнего возраста с последующим освобождением от наказания или заменой оставшейся части наказания более мягким. Безусловно, эти новеллы имели гуманистическую направленность, но в то же время преследовали и цель «разгрузки» переполненных мест лишения свободы.
За период 1997–2002 гг. в Особенную часть УК было включено десять новых статей: 1) невыплата заработной платы, пенсий, пособий и иных выплат (ст. 145–1); 2) производство, приобретение, хранение, перевозка или сбыт немаркированных товаров и продукции (ст. 171–1); 3) легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества, приобретенных лицом в результате совершения им преступления (ст. 174–1); 4) злостное уклонение от предоставления инвестору или контролирующему органу информации, определенной законодательством РФ о ценных бумагах (ст. 185–1); 5) вовлечение в совершение преступлений террористического характера (ст. 205–1); 6) прекращение или ограничение подачи электрической энергии либо отключение от других источников жизнеобеспечения (ст. 215–1); 7) приведение в негодность объектов жизнеобеспечения (ст. 215–2); 8) организация экстремистского сообщества (ст. 282–1); 9) организация деятельности экстремистской организации (ст. 282–2); 10) изготовление, сбыт поддельных марок акцизного сбора, специальных марок или знаков соответствия либо их использование (ст. 327–1).
Федеральным законом от 4 июля 2003 г. были внесены существенные изменения в регламентацию уголовной ответственности за нарушение избирательных прав граждан и прав на участие в референдуме (ст. 141, 141–1, 142, 142–1).