После того как боевая задача в Забайкалье была выполнена, началась переброска войск на уральский фронт. 12 октября 1918 г., уже в чине генерал-майора, Гайда возглавил Екатеринбургскую группу войск, а Богословский стал ее начальником штаба. Группа получила задачу наступления на Осу, Оханск и Пермь. Отметим, что Гайда еще до прихода к власти адмирала А.В. Колчака в результате омского переворота 18 ноября 1918 г. высказывался за военную диктатуру, причем участвовал в тайных переговорах по этому вопросу. Разумеется, штаб генерала не мог оставаться в стороне от этих планов. Крупным успехом группы, преобразованной 24 декабря в Сибирскую армию, стало взятие 25 декабря 1918 г. Перми. Интересно, что Пермь белые отбили у той самой 3-й армии красных, из которой летом сбежал Богословский. Сибирская армия Гайды, временно исполняющим должность начальника штаба которой формально 4 января 1919 г. стал Богословский, вела в 1919 г. боевые действия против той же 3-й армии красных, но на этот раз реванш взяли красные.
Сам Гайда впоследствии отозвался о Богословском не слишком высоко: «Мой штаб был выделен из штаба, который формировался давно в Омске и назывался раньше штабом Сибирской армии. Он был переведен в Екатеринбург, очищен от избыточных людей и дополнен некоторыми офицерами штаба моей бывшей Екатеринбургской группы. Начальником штаба армии был полковник, впоследствии генерал-майор Богословский, назначенный еще раньше, после смерти полковника Ушакова, начальником штаба Восточного фронта. Генерал Богословский был выпускником академии Генерального штаба. После большевистского переворота он принял службу в академии Генерального штаба, организованной большевиками в Екатеринбурге. Когда в июле 1918 года к Екатеринбургу подошли чехословаки, ему удалось оттуда убежать и пробраться к нашим войскам. Богословский был способным оперативным штабным работником, но [человек был] не самостоятельный, способный на компромиссы, о чем свидетельствует его вступление на большевистскую службу»[889].
Однако русские генштабисты оценивали роль Богословского иначе, считая именно его организатором побед, лавры которых пожинал Гайда. Так, генерал М.А. Иностранцев ставил в заслугу Богословскому один из громких успехов белых на Восточном фронте — взятие Перми, отмечая, что «успех взятия Перми объясняется даровитой личностью командующего армией и его начальника штаба — генерала Богословского»[890]. Генерал К.К. Акинтиевский даже отмечал, что Гайда был полной бездарностью в военном отношении, а «всю военную часть в его штабе вел ген[ерал] Богословский, нач[альник] штаба; от политической он был отстранен Гайдой»[891].
6 января 1919 г. Богословский, уже произведенный в генерал-майоры (с 24 декабря 1918 г. со старшинством с 6 декабря 1918 г.), был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени. Согласно формулировке приказа, офицер награждался «за то, что, состоя в чине полковника и исполняя обязанности начальника штаба бывшей Екатеринбургской группы, разработал и провел в жизнь план очищения от армии противника обширной территории Уральского района; причем в течение операции с 28 ноября по 24 декабря 1918 года неоднократно, с личной для себя опасностью, принимая деятельное участие в боях, привел наши войска к решительной победе при полном разгроме Пермского фронта противника, с захватом огромной военной добычи и территории (станции Кущ, Калино, Чусовая и города Кунгур и Пермь; более 30 000 пленных, 20 000 винтовок, 20 орудий, более 100 пулеметов, 9 бронированных поездов, 2 броневых автомобиля, 40 автомобилей, 180 поездных составов, несколько тысяч лошадей и громадное количество военного имущества)»[892]. Кроме того, за взятие Перми Богословский 5 февраля 1919 г. был награжден французским военным крестом с пальмовой ветвью. 24 февраля 1919 г. ему была объявлена благодарность Верховного правителя и Верховного главнокомандующего адмирала А.В. Колчака.
По оценке генерала П.Ф. Рябикова, Богословский был выдающимся начальником штаба армии[893]. Рябиков отмечал, что Богословский «как выдающийся офицер Генерального штаба, умный, быстрый, решительный и инициативный, с большим успехом исполнял должность начальника штаба 1[-й] армии у генерала Гайды, а затем и у ген[ерала] Пепеляева»[894].