По распоряжению Л.Д. Троцкого и нового главкома С.С. Каменева Жданов был направлен на Украину[1827]. В черновых учетных материалах РККА по кадрам Генштаба есть упоминание об откомандировании его с Южного фронта в Харьковский укрепрайон в июне 1919 г.[1828] Впрочем, вероятно, это было только на бумаге. Реально же 11 августа он выехал из Москвы в Киев в распоряжение командующего 12-й советской армией бывшего Генштаба генерал-майора Н.Г. Семенова. Согласно приказу РВСР по личному составу армии № 177 от 14 августа 1919 г. Жданов с 1 июня освобождался от должности командующего 11-й армией и назначался в распоряжение командующего 12-й армией с боевым окладом, присвоенным по должности начальника дивизии[1829]. Отправка была вызвана тем, что новый главком Каменев распорядился всех генштабистов, не занимавших должностей, направить на фронты[1830]. С 17 августа 1919 г. Жданов занимал пост инспектора запасных войск в Киеве, а 26 августа получил назначение на должность начальника 2-й сводной советской дивизии, находясь на которой 17 (30) августа бежал к белым[1831]. В РККА его разыскивали уже в сентябре 1919 г., однако в штабе 12-й армии его не оказалось, в итоге Жданов числился пропавшим без вести при эвакуации Киева и находящимся в неизвестном отсутствии[1832].
2 (15) сентября 1919 г. Жданов должен был дать показание, почему не смог перейти на сторону белых ранее[1833]. Судебно-следственная комиссия 3 (16) октября просила начальника отдела Генерального штаба военного управления назначить экспертов из офицеров Генштаба по делу Жданова. Эксперты пришли к заключению, что на службу большевикам Жданов поступил добровольно[1834]. 20 октября (2 ноября) было вынесено постановление судебно-следственной комиссии при штабе главнокомандующего ВСЮР о прекращении производства по делу Жданова. Однако главный военный прокурор ВСЮР генерал-лейтенант И.А. Ронжин 20 ноября (3 декабря) наложил на документ резолюцию: «Не согласен. Дело представляется гл[авнокомандую]щему»[1835].
13 (26) ноября 1919 г. в Ростове-на-Дону было составлено заключение главного военного и военно-морского прокурора по делу Жданова: «Расследование[м] по делу устанавливается, что большевистский переворот в октябре 1917 г. захватил генерала Жданова на фронте, где он командовал дивизией. Когда дивизия в феврале 1918 года отходила в тыл, генерал Жданов под Люцином был взят немцами в плен, откуда, однако, вскоре бежал. В начале мая под Севском его захватила банда Ремнева и едва не повесили. Перехваченный бандой генерал Жданов был сначала отправлен в Брянск к генералу Сытину, а затем в Калугу в распоряжение генерала Егорьева, который взял его на учет и послал в Оршу командовать отрядом против немцев. 1 июля генерал Жданов был вызван в город Москву и оставлен при окружном комиссариате военным руководителем. В этой должности генерал Жданов пробыл до 1 февраля 1919 года. Проболел три месяца, уклоняясь от посылки на фронт. Окружным комиссаром в Московском округе был Муралов, правивший округом по-диктаторски и не признававший чужого мнения. Фактически все распоряжения по округу отдавал сам Муралов. Генерал же Жданов оставался все время в стороне, не пользуясь ни авторитетом, ни влиянием, хотя и присутствовал при всех докладах начальника штаба. Штаб у Муралова доверием не пользовался, а у него были свои доверенные лица, ведавшие различными отделами.
В ноябре 1918 года, когда на Кавказе были разбиты 11[-я] и 12[-я] советские армии, генерал Жданов был назначен в Астрахань, но от поездки под предлогом болезни уклонился. Однако в январе ему приказано было выехать, а в феврале его назначили командующим XII армией, а впоследствии XI армией, сформированной из остатков двух армий. Из Астрахани в апреле генерал Жданов пытался на автомобиле уехать, но не оказалось бензину, почему попытку пришлось оставить.