Во время обозначившегося первоначально наступления адмирала Колчака, а затем корпуса Улагая, создававшего угрозу Волге, главнокомандующий Вацетис, первоначально отдавший распоряжение отправить недавно сформированную 33-ю дивизию на Восточный фронт, изменил это решение, приказав отправить водой эту дивизию на помощь армии Егорьева. Телеграмму с таким распоряжением, полученную в штабе, генерал Жданов скрыл между бумагами, вследствие чего дивизия, отдельные эшелоны которой уже грузились на железную дорогу, не отправленная водой, не пришла к месту назначения. Сверх того, генерал Жданов, по его объяснению, умышленно задержал отправление подкреплений. Армия Егорова[1836], не поддержанная вовремя, была оттеснена к северу. По поводу этой операции было назначено даже расследование. Вскоре после этого генерал Жданов уехал в Москву, так как предвидел необходимость принять участие в боевых действиях под Астраханью, от чего хотел уклониться, а для этого подал рапорт об отчислении по болезни. За его пребывание в течение 3½ месяцев в 11[-й] и 12[-й] армиях боев не было. Прибыв в Москву в конце мая, генерал Жданов около двух месяцев не получал никакого назначения. 29 июля он был командирован в Киев в распоряжение командующего XII армией Семенова, вследствие последовавшего распоряжения нового главнокомандующего Каменева об отправке на фронт всех не занимающих должностей офицеров Генерального штаба. По прибытии в Киев 4 августа генерал Жданов получил назначение на должность инспектора запасных войск, а 13 августа был назначен начальником 2-й сводной советской дивизии. Прокомандовав фактически два дня, генерал Жданов 17 августа бежал из дивизии при такой обстановке. Находясь с дивизией в районе Бахмач — Нежин и зная о предполагавшемся наступлении Добровольческой армии, генерал Жданов умышленно поставил свою дивизию в положение, невыгодное для боя, и, воспользовавшись обстановкой, с опасностью для жизни своей и жены, бежал из расположения дивизии через патрулей из латышей.
Дававшие по настоящему делу заключение эксперты из офицеров Генерального штаба высказались, что генерал Жданов, хотя и поступил на службу к советской армии добровольно, но, по-видимому, под впечатлением наступления немцев, и хотя он не сочувствовал советской власти, однако принес ей существенную пользу в течение первого года своего пребывания уже одним своим присутствием, являясь авторитетом для младших чинов, как генерал-майор Генерального штаба. Находясь же у советской власти с самого начала, способствовал ей создавать армию. Впоследствии, когда генерал Жданов сделался более самостоятельным, употребил все усилия к тому, чтобы принести советской власти наибольший вред, а при первой возможности перешел в Добровольческую армию.
Судебно-следственная комиссия, не усматривая оснований к возбуждению судебного преследования против генерала Жданова, постановила дело о нем прекратить дальнейшим производством»[1837].
Главный военный прокурор ВСЮР генерал-лейтенант И.А. Ронжин отметил: «…принимая во внимание, что генерал-майор Жданов, поступив на службу к советской власти в самом почти начале ее создания, на занимаемой им ответственной должности военного руководителя принес существенную пользу этой власти, так как принимал участие в организационной работе по созданию Красной армии, а впоследствии, назначенный на должность командующего советской армией, составленной из остатков двух армий, также оказал не менее существенное содействие советской власти в деле создания армии, я полагаю, что виновность его по закону от 30 июля с/г является вполне установленной»[1838], вследствие чего в отношении Жданова должно было быть возбуждено судебное преследование.
Жданов обвинялся в том, что, «поступив на службу к советской власти и состоя с 1 июля 1918 года по февраль 1919 г. на ответственной должности военного руководителя в Московском округе, принимал участие по означенной должности в деле организации военного управления и создания Красной армии, а затем, находясь на ответственной командной должности командующего сначала XII, а затем XI советскими армиями, выполнял связанные с этой последней должностью обязанности по управлению войсками, входившими в состав армии, и их устройству, сознавая, что своей деятельностью оказывает существенное содействие советской власти в деле создания Красной армии, служащей опорой этой власти внутри России, и в ее борьбе с Вооруженными силами Юга России»[1839]. За службу у большевиков на ответственных постах и принесение им существенной пользы Жданов подлежал военно-полевому суду по закону от 30 июля (12 августа) 1919 г.