По свидетельству Жданова, ни в одной другой армии не было должности главного комиссара, только комиссар штаба армии, поэтому Жданов решил свернуть свою подпольную работу. К тому же начались бои в непосредственной близости от Астрахани, участвуя в которых командарму пришлось бы помогать большевикам. Насколько можно верить его, конечно же, ангажированным показаниям перед белыми, он принял решение уйти со своего поста по болезни. В период следствия, проводившегося белыми осенью 1919 г., Жданов рассчитывал, что Астрахань вот-вот падет и все сказанное им документально подтвердится[1809]. Однако красные смогли удержать этот стратегически важный пункт.
Генштаба полковник А.С. Нечволодов, перебежавший к белым, 22 сентября (5 октября) 1919 г. показал в Ростове-на-Дону:
«1) Удостоверяю, что при переброске, согласно приказания главкома Вацетиса, 33й дивизии из Астрахани в район армии т. Егорова — была допущена такая путаница, которая сильно замедлила прибытие этой дивизии в назначенный район.
Одна бригада ее была направлена по р[еке] Волге, а другая по жел[езной] дор[оге], причем последняя была заслана в сторону от Волги на восток верст на 100.
Ввиду такого опоздания прибытия 33й дивиз[ии] и имевшего место нарушения ее организации при отправке — главкомом было назначено расследование этого дела. Немного позднее, в начале июля, ген[ерал]-м[айор] Жданов выехал в Москву.
2) В мае мес[яце] при г[енерал-]м[айоре] Жданове боевых (серьезных) операций в XI армии не велось.
3) После ревизии т. Корольковым (б[ывший] генерал Ген[ерального] штаба) деятельности г[енерал]-м[айора] Жданова к последнему был назначен особый комиссар т. Баландин.
4) Как образчик отношения г[енерал-]м[айора] Жданова к интересам Красной армии могу отметить назначение им бывшего писаря Корта — начальником 7[-й] кав[алерийской] дивизии»[1810].
Как отмечал очевидец, «Жданов, учитывая все обстоятельства, просил освидетельствовать состояние его здоровья на предмет увольнения от должности; ходатайство его было уважено; комиссия астраханских врачей признала Жданова неспособным к занятию строевых должностей; после чего Рев[олюционный] воен[ный] совет армии приказом по армии возложил командование армией на вр.и.д. нач[альника] 34[-й] стр[елковой] дивизии [А.С.] Смирнова.
Это произошло в последних числах мая.
Смирнов немедленно же вступил в командование армией»[1811].
И действительно, 23 мая Жданову старшим врачом Астраханской губернской больницы была выдана справка о том, что у бывшего генерала сильные головные боли, ослабление слуха и зрения, ограничение движения верхних и нижних конечностей вследствие трех контузий, причем с наступлением жаркого времени боли усиливались до того, что он даже не мог иногда работать[1812]. В акте медицинского освидетельствования, подписанном 29 мая начальником санитарной службы 11-й армии доктором Паевским, отмечалось, что Жданов годен только к службе в глубоком тылу в мирное время и при климатических условиях без резких колебаний[1813]. С 1 июня считался больным и начальник штаба армии бывший Генштаба генерал-майор А.Ф. Кадошников, которого временно заменял Ригельман[1814].
30 мая 1919 г. приказом войскам 11-й армии и Каспийскому флоту РСФСР № 369 Жданов вследствие поданного рапорта был освобожден от должности командующего 11-й армией по болезни. Его временным преемником стал начальник 34-й стрелковой дивизии А.С. Смирнов. Комиссар 34-й дивизии Ю.П. Бутягин был назначен комиссаром штаба армии. Приказ подписали председатель РВС армии Мехоношин и член РВС Киров[1815]. По приказанию председателя РВСР Л.Д. Троцкого командующим 11-й армией стал начальник штаба Кадошников[1816]. 3 июня Жданов сдал командование[1817]. Кадошников 9 июня телеграфировал начальнику штаба Южного фронта Н.В. Пневскому относительно командирования в штаб фронта: «[По] состоянию здоровья нуждаюсь [в] отдыхе, почему [в] настоящее время принять Ваше предложение не могу»[1818]. Возможно, отказ был связан с недавними событиями в армии и боязнью расследования.
Постановлением РВСР от 4 июня 1919 г. 11-я армия была упразднена, а ее войска с 10 июня переданы в состав 10-й армии[1819]. Передача управления войсками происходила в штабе 34-й дивизии[1820]. По мнению Троцкого, сообщенному 5 июня в ЦК, нужно «строжайше воспретить работникам 11-й армии разбежаться. Все они должны поступить в распоряжение Реввоенсовета Южного фронта»[1821]. Архив штаба армии в июне был сдан в тюках в штаб Южного фронта[1822].