«Награждаются орденом Красного Знамени командовавший Южной группой тов. Седякин, помощник командовавшего той же группою тов. Саблин, военком той же группы тов. Лепсе, военкомы Северной группы тт. Вегер и Угланов и начальник Сводной стрелковой дивизии тов. Дыбенко за подвиги личной храбрости, самоотверженность и искусное управление частями войск, проявленные им при штурме крепости Кронштадт и взятии гор. Кронштадта».
После Кронштадта орденоносец Дыбенко неожиданно для всех отказывается от дальнейшей учебы в академии РККА: «Закончу заочно». Его назначают в Одессу на должность начальника Западно-Черноморского сектора обороны и командира легендарной 51-й Краснознаменной Перекопской дивизии.
На новое место службы он прибыл с А. М. Коллонтай. Скоро семья распалась. Мужа беспокоило то, что жена не порывает связей с бывшими оппозиционерами. Ее раздражало то, что в Одессе супруг занял для проживания богатый особняк. Однажды в ее руки попало письмо, адресованное П. Е. Дыбенко. Автором письма оказалась дочь белого офицера, брошенная в Севастополе при бегстве врангелевцев. Дыбенко принял участие в ее судьбе. Между супругами произошел бурный разговор. В результате Дыбенко пытался застрелиться в своей комнате, но остался жив (пуля прошла через легкие). Когда рана зажила, Коллонтай уехала в Москву.
Александра Михайловна переходит на дипломатическую работу и уезжает из России, став первой в мире женщиной-послом. На этом посту она была в Норвегии (дважды), Мексике и Швеции. Дыбенко вскоре создает новую семью.
После успешного окончания в 1922 году Военной академии П. Е. Дыбенко последовательно командует 6-м, 5-и и 10-м стрелковыми корпусами. Затем назначается начальником Артиллерийского управления РККА, потом становится начальником управления снабжения РККА.
В 1922 году его восстанавливают в партии с зачетом прежнего партийного стажа.
В 20-е годы Павел Ефимович много пишет. Из печати выходит его книга «Военная доктрина и эволюция армии». Сдается в типографию рукопись «Мятежники». Заканчивает работу над книгой воспоминаний «Из недр царского флота к великому Октябрю».
Работы в наркомате для него всегда водилось много, но Павла Ефимовича тянуло из столицы в войска. Он пишет соответствующий рапорт, который рассматривался долго. И только в конце 1928 года народный комиссар обороны К. Е. Ворошилов удовлетворил просьбу своего настойчивого подчиненного.
Дыбенко получает назначение командующим войсками Среднеазиатского военного округа: «Легкой жизни не обещаю, – сказал Климент Ворошилов. – Впрочем, знаю, ты ее никогда не искал».
Дыбенко едет в Среднюю Азию. В те годы там еще продолжалась жестокая борьба с басмачеством. Шла война без фронта. Новый командующий войсками округа энергично принимается за дело. Меняется тактика борьбы с басмаческими бандами, исходя из условий горной и пустынной местности. К ней привлекаются массы трудящихся: война с басмачеством принимает поистине всенародный характер. Ликвидируются одна за другой крупные банды Фазаиля Максума, Джунаид-хана, Шолтай-батыра, Ибрагим-бека – «главнокомадующего» всеми «войсками ислама»…
В кишлаках и аулах Павла Ефимовича называли «наш аксакал Дыбенко». Популярность среди местного населения его была огромной. За победы над басмачами и заслуги в укреплении советской власти в Средней Азии он награждается орденами Трудового Красного Знамени Таджикской ССР и Туркменской ССР.
Командующего П. Е. Дыбенко любят в войсках округа: Приказами Реввоенсовета Республики он утверждается в звании почетного красноармейца 16-го стрелкового полка и легкого артиллерийского полка Особого назначения.
К началу 30-х годов с басмачеством было покончено. В начале января 1934 года П. Е. Дыбенко уезжат в Самару командовать войсками Приволжского военного округа.
Один из сослуживцев Павла Ефимовича по штабу Приволжского военного округа так описывал его: «Был он высокого роста, широкоплечий, красивый, мужественный темный шатен, с густыми усами и черной бородой… Зря никогда и никого не наказывал. Добивался, чтобы все военнослужащие работали сознательно, не за страх, а за совесть».
А страх уже проникал глубоко в сознание людей. Дыбенко это чувствовал. Маховик репрессивной машины набирал обороты. Начиналась безумная «чистка» командных кадров РККА, которая потом «аукнется» в Великой Отечественной войне.
Всной 1937 года, отправляя в город Ульяновск инспекторскую группу штаба и политуправления Приволжского военного округа, командующий его войсками обстоятельно беседовал с членами комиссии:
«У нас появились политиканы, которые выдают себя за настоящих коммунистов, борцов за советскую власть, а на самом деле занимаются подсиживанием, иногда порочат честных, требовательных и дисциплинированных командиров, – говорил он. – Этим они дезорганизуют работу и приносят нам вред. Есть сведения, будто в Ульяновской военной школе обнаружено вредительство в подготовке кадров… Вы разберитесь с этим делом, отнеситесь к командному и политическому составу бережно, внимательно…