В Вологде Лавров поселился в доме Соколова по Архангельской улице (ныне улица Чернышевского), в квартире из пяти комнат. Это жилье подыскал ему Шелгунов — сам он жил неподалеку. Уже в день приезда, 30 августа, Петр Лаврович написал в Тотьму Гернету, а в письме к нему передавал листок для Анны Павловны: в его мыслях она заняла место того идеального женского типа, о котором можно было только мечтать. Письмо свое — любопытный штрих — Лавров посылает с полицейским Дунаевым, сопровождавшим его при переезде. Неделю спустя Лавров опять-таки с оказией вновь посылает Гернету письмо, книги и журналы для Анны Павловны, сообщая вместе с тем: «Вчерашняя почта привезла А. П. печальное известие нового отказа относительно ее перевода в Ригу. Это очень грустно».
К этому времени Лавров сделал уже необходимые официальные визиты — что ни говорите, светский человек. Познакомился он и с ссыльной молодежью. Обратил внимание на секретаря Шелгунова — Михаила Сажина: чем-то он Лаврову не приглянулся… Конечно, чаще всего Петр Лавров видится с Шелгуновым. Однажды к Николаю Васильевичу зашел его молодой приятель, местный уроженец Павел Владимирович Засодимский — будущий народнический беллетрист. Он застал хозяина дома посреди комнаты с незнакомым мужчиной средних лет, высокого роста, с густыми рыжеватыми волосами и с такой же густой бородой и с большими, умными голубыми глазами; темные брови немного нахмурены. Гость стоял, выпрямившись во весь рост, и спокойно, по энергично возражал своему оппоненту… Шелгунов представил Лаврова и Засодимского друг другу. И тут Засодимского поразило одно обстоятельство: «Когда Лавров здоровался со мной, на лице его не отразилось ни тени той банальной, заученной приветливости, какую люди в таких случаях считают нужным изобразить на своем лице. Глаза его оставались серьезны, все также слегка нахмурены, а все обращение его — движение и речь — отличались замечательной простотой.
— А вы здесь — по доброй воле? — спросил он меня.
— Да, — говорю, — по доброй воле: здесь моя родина.
— Холодная же у вас родина! — сказал Лавров, слегка пожав плечами».
Разговор пошел о ссыльных, о губернаторе генерале Хоминском, а потом, слово за слово, вернулись и к спору, прерванному было приходом Засодимского, об отношении к Западной Европе. Лавров был настроен критически: нельзя отождествлять цивилизацию с баварским пивом; другое дело — люди, идеи, наука…
В один сентябрьский день Петра Лавровича вызвал губернатор. Разговор оказался неприятнейшим. По доносу начальника вологодского жандармского управления подполковника фон Мерклина началось разбирательство обстоятельств проводов Лаврова из Тотьмы. Мерклин и вслед за ним начальник III отделения граф Шувалов усмотрели в них чуть ли не политическую демонстрацию. «Эти проводы, — писал впоследствии Лавров, — сблизили (совершенно неуместно) с овациями, которые Михайлову были сделаны при его проезде через Сибирь на каторгу». «…На основании чего и в уважении каких обстоятельств дозволено Лаврову оставить Тотьму?» — грозно вопрошал Шувалов вологодского губернатора.
Хоминский в своем объяснении писал, что из Тотьмы Лавров выехал согласно разрешению министра внутренних дел, а что касается его проводов, то хотя из донесений полицейских чинов «не видно, чтобы провожавшие полковника Лаврова из Тотьмы лица придавали этому политический смысл, поступок их, будучи весьма неблаговидным со стороны тех из них, которые состоят в государственной службе, явно противозаконен со стороны самовольно отлучившихся из города лиц, состоявших под надзором полиции…»
Пока шло «строгое дознание обо всех обстоятельствах события», в министерстве внутренних дел происшедшее 29 августа уже было расценено как «неуместный поступок, который мог быть принят за выражение публичного сочувствия лицу, обличенному в противоправительственных стремлениях». А раз так, то принимается и соответствующее решение: выслать Лаврова из Вологды… Из ссылки — в ссылку.
30 сентября Лавров сообщает Гернету, что он избрал Кадников — заштатный городок в 42 верстах от Вологды на почтовом тракте в Архангельск. Значит, к этому времени он уже знал о содержании предписания, присланного из Петербурга генералу Хоминскому: «сделать распоряжение о водворении Лаврова, за исключением Тотьмы, в одном из уездных городов, где находятся врачи».
Что успел сделать Лавров за месяц пребывания в Вологде? Да почти ничего. Впрочем, нет. Перед самым выездом с разрешения губернатора в «Вологодских ведомостях» печатается письмо Лаврова в редакцию «К вопросу об антропологических исследованиях Вологодской губернии» — о важности собирания материалов по антропологии (ей предшествовали «Антропологические этюды», опубликованные в июньском номере «Современного обозрения»). Лавров призывал местную интеллигенцию начать антропологическое и археологическое изучение своего края, что будет важно «как для России, так и для науки вообще».