К 1999 году, однако, Березовский стал политически токсичен. Его отношения с членами Семьи попали под пристальное наблюдение правоохранителей. Рейд на «Сибнефть», в создании которой он участвовал, грозил разоблачить сделки с нефтеторговой компанией зятя Ельцина Леонида Дьяченко. Параллельно шло уголовное расследование бизнес-операций Дьяченко через «Аэрофлот», в котором тот имел внушительную долю. Президентом авиакомпании была вторая дочь Ельцина Елена. Семья хотела избавиться от Березовского. Пошли слухи, что его охранная фирма прослушивала кабинеты Семьи.
В апреле ему пришлось оставить пост исполнительного секретаря СНГ. Юмашева тоже тяготили эти отношения.
— Березовский то и дело твердил ему, что тот ничего не понимает, — сказал помощник Березовского. — Он стал всех нервировать.
Казалось, от Березовского отвернулись все. И когда в начале 1999 года Владимир Путин появился на вечеринке по случаю дня рождения жены Березовского Лены, олигарх был глубоко растроган этим жестом солидарности. Все остальные тайно точили ножи.
Такой поступок Путина успокоил Березовского, и тот перестал переживать о его прошлом в КГБ. Поначалу он полностью поддерживал Аксененко и видел его на посту преемника Ельцина. Отношения с Путиным охладели, когда он, будучи шефом ФСБ, в марте 1999 года приказал арестовать и посадить офицера ФСБ Александра Литвиненко. Однако осознавая постоянную угрозу собственного ареста, Березовский склонился к кандидатуре Путина. Придумывая мифы о своем огромном влиянии в Кремле, он не раз напоминал, что именно он привел Путина к власти, именно он предложил кандидатуру шефа ФСБ Юмашеву летом 1998 года. Рассказывал о тайных встречах с Путиным в лифте на Лубянке, где они обсуждали возможное президентство. В начале девяностых годов, когда Березовский приезжал в Санкт-Петербург, а Путин помогал ему с открытием представительства ЛогоВАЗа, они встречались лишь мимолетно. Бизнесом приходилось делиться и с мафией, и Березовский должен был знать о связях Путина с организованной преступностью. Как сказал партнер Березовского:
— Путин помогал ему во всех вопросах, связанных с продажей автомобилей ЛогоВАЗа в Петербурге. Бизнес был мафиозным, бандитским. В Москве Березовский организовал его с помощью чеченцев и коррумпированной бюрократии, а в Петербурге — с помощью Путина. Так что он все понимал и про связи, и про ситуацию. Он же не ребенок.
И хотя Березовский сыграл заметную роль в отстранении Примакова, он никогда не работал с Путиным так плотно, как Пугачев. По словам одного из его ближайших соратников Алекса Гольдфарба, не он познакомил Путина с Татьяной, не он предложил его как альтернативу Степашину и как возможного преемника Ельцина.
Все радикально изменилось в середине июля, когда Кремль опустел, а его обитатели разъехались на отдых. Именно тогда швейцарская прокуратура снова нанесла удар. Семья полагала, что с расследованием по Mabetex покончено — благодаря уголовному делу, которое помог открыть Пугачев, Скуратов уже несколько месяцев назад был отстранен. Но швейцарцы не унимались, а вместе с ними не дремали и заместители Скуратова. 14 июля швейцарская прокуратура объявила о возбуждении уголовного дела по факту отмывания денег через счета швейцарских банков. Под преследование попали двадцать четыре россиянина, включая Павла Бородина и высших чиновников Кремля. Предполагалось, что средства были получены через «коррупционные схемы или злоупотребление властью». Один из швейцарских следователей, отвечая на вопрос, есть ли в списке дочь Ельцина Татьяна, ответил: «Пока нет». Но было понятно, что круг сжимается и, по словам Пугачева, начинается паника.
Женевская прокуратура заявила, что российские коллеги ведут параллельное расследование. Именно тогда Пугачев, по его словам, решил действовать:
— Нам нужен был человек, способный с этим разобраться. Степашин бы не справился. Но был Путин с ФСБ, Совет безопасности, Патрушев. Была целая команда.
Пугачев помнил, какое хладнокровие Путин продемонстрировал в вопросе с видеозаписью Скуратова, и сказал, что решил представить Путина Татьяне, которая в те дни была основным каналом связи с президентом. Случайно или нет, но на следующий день ФСБ начала уголовное расследование нарушений в строительном бизнесе, который принадлежал жене главного политического оппонента Ельцина Юрия Лужкова. Вначале Пугачеву пришлось переубеждать Татьяну в отношении кандидатуры Степашина и доказывать, что тот, в отличие от Путина, не сумел достойно прокомментировать запись со Скуратовым и проститутками после показа по ТВ.
— Я ей сказал: «Таня, тебе нужен человек, который тебя спасет. Степашин пойдет на компромиссы с коммунистами. И сделает это у нас на глазах. Посмотри, как он себя ведет. Путин гораздо понятнее. Он молодой, он готов слушать. Степашин больше никого не слушает».