В августе 1260 года сорокатысячное мамлюкское войско покинуло Египет. Бейбарс выехал вперед с разведывательным отрядом. В пути он встретил монгольский дозор. В скоротечной стычке враг был разбит. Следующая встреча с монголами произошла 3 сентября 1260 года в местечке Айн-Джалут в окрестностях палестинского города Назарет. Противники стояли друг против друга. Бейбарс возглавил левое крыло мамлюкской армии, эмир Бахадур – правое, а султан Кутуз занял центр.
Что касается монгольского войска, то хана Хулагу срочно выехал в Каракорум на похороны Великого хана Мунке. Командование армией было передано опытному полководцу нойону Кетбуге. Он пользовался неприрекаемым авторитетом среди монгольских военачальников и не раз проявлял в битвах воинское искусство и отвагу. О его храбрости слагали легенды. Армия Кетбуги состояла из тумена монгольских всадников, а также четырех тысяч армян и грузин под командованием киликийского царя Хетума и его зятя правителя Антиохии Боэмуна.
Ранним утром 3 сентября 1260 года над землей разлетелась барабанная дробь, и две армии ринулись друг на друга, но уже на закате солнца монголы потерпели сокрушительное поражение. Кетбуга сражался до последнего. Он был выбит из седла и взят в плен. Пленнику отрубили голову, насадили на копье и пронесли по улицам Каира, а затем вывесили её на городских воротах.
Победа египетских мамлюков остановила экспансию монголов на мусульманский мир. Вместе с тем эта битва обрекла на вымирание остатки владений крестоносцев в Галилее, которые утеряли связь с Европой.
После сражения при Айн-Джалуте Кутуз получил прозвище «неустрашимый защитник ислама». Победа над монголами укрепила его авторитет, он не захотел разделить славу с Бейбарсом. Обещанный султаном город Алеппо Бейбарс не получил и тогда он решил действовать иначе. Его поддержали эмиры Илмуддин Анас, Илмуддин Санглы и Сейфуддин Балапан.
22 октября 1260 года Кутуз остановился в местечке Кусаир на побережье Красного моря между Шамом и Египтом. Отправив большую часть свиты в Египет, султан в сопровождении малого отряда и группы заговорщиков выехал на охоту. 24 октября во время охоты в пустыне эмир Бейбарс обратился к Кутузу с просьбой подарить ему одну из захваченных в плен женщин. Султан милостиво согласился. В знак благодарности Бейбарс склонился, чтобы поцеловать руку правителя – это был условный сигнал заговорщикам.
Как только Бейбарс ухватил руку Кутуза, эмир Анас выхватил саблю и снес правителю голову. В доказательство преданности общему делу, заговорщики расстреляли бездыханное тело из луков. Ночью они выступили во дворец султана. По сообщению Макризи, в этом походе участвовали отряды Бейбарса, Бектута, Бахадара и Анаса. Они добрались до Каира. На переговоры в город отправился эмир Айтемир. Он сообщил визирям, что Кутуз убит, а все воины объединились вокруг Бейбарса и уже принесли ему присягу.
Визири передали крепость и казну в руки Бейбарса. В доказательство своей верности они тоже присягнули новому правителю, скрепив клятву соответствующим документом. Текст письменной присяги был составлен эмиром Айтемиром и передан Бейбарсу.
23 октября 1260 года Бейбарс занял трон Мамлюкского султаната. Правителям Химса, Хама, Сихиди, Моусила, Алеппо, а также других городов и крепостей были направлены гонцы с сообщением о возведении нового правителя.
Бейбарс приступил к правлению решительно. Он отменил военный налог, который взымался в размере одного динара с человека. Объявил амнистию всех, кто незаконно томился в тюрьмах. Освободил из заточения семью покойного султана Айбека – жену, сына Али и его младшего брата Кахана. Их отправили в Константинополь, столицу Византии.
Бейбарс изгнал из Каира европейских проституток, которые сопровождали крестоносцев в их походах, запретил курение гашиша и употребление вина. Историк Ахмат Тлемат в работе «Сильсияд алям альараб» указывает, что за несколько дней до начала Великого поста мамлюки закрывали магазины, торгующие «бузой», то есть хмельными напитками.
Построив рядом с цитаделью Дворец правосудия, Бейбарс давал там аудиенции и принимал послов по пятницам и воскресеньям. Он также построил в Каире знаменитую мадрасу и мечеть.
Противники султана пытались убить его, но он с помощью своих двойников ухитрялся появляться одновременно в нескольких местах. Это путало карты заговорщиков. Нередко на воротах Баб аз-Зувейла вывешивали отрубленные головы тех, кто интриговал против правителя.
Кроме врагов у Бейбарса были и друзья. В боях с монголами отличился один из друзей Бейбарса – эмир Бекташ. В битве при Химсе с войсками ильхана Хулагу он командовал правым флангом армии мамлюков. Из письменных источников известно также, что еще одним из близких и верных друзей Бейбарса был влиятельный эмир Хусам ад-Дин Баркатхан.
Султан покровительствовал корпусу «салихия». Вместе с тем он создал и собственную гвардию – «захирия». Сподвижники Бейбарса (хашдашия) из придворной гвардии были его главной опорой на протяжении всего срока правления.
