Весной следующего года домовитые мужики уплыли на одном из двух оставшихся кораблей, и у Баранова осталось 110 человек, большинство из которых, как отметил Баранов, были лишены честолюбия и предприимчивости. Конечно, они не были буянами, поскольку Шелихов выбрал их за покорность, но им требовалось руководство и порядок. Вскоре Баранов ввел в поселении квазивоенную структуру, включающую в себя строгое подчинение приказам, периодический осмотр бункеров и торжественные собрания, на которых мужчины стояли в строю и наблюдали за подъемом и спуском российского флага. Азартные игры были запрещены, а употребление алкоголя ограничивалось слабыми жидкостями, приготовленными из перебродивших ягод (хотя Баранов держал секретную вилку для личного пользования). Проституция была запрещена, а отношения между русскими мужчинами и туземными женщинами регулировались строгими правилами, фактически требующими моногамного брака, частично финансируемого компанией Шелихова. Баранов следил за соблюдением туземного обычая, согласно которому дети принадлежали своим матерям, - обычая, который прекрасно сочетался с его собственными интересами и интересами его компании в том, чтобы мужчины оставались в Русской Америке. Мужчины, привязавшиеся к своим партнершам и детям, часто оставались здесь гораздо дольше, чем того требовал законный пятилетний контракт, и многие из них оседали на постоянное место жительства.
Баранов улучшил положение своего поселения среди местных аборигенов, алутииков. Он выучил их язык и обычаи, следовал им, объехал весь остров Кодьяк, чтобы познакомиться с людьми и договориться с ними, а следующей весной привлек сотни людей к охоте на морских выдр. Тех, кто сопротивлялся его призывам работать, он заставил предоставить от каждого поселения "несколько человек обоего пола" - что, конечно, было незаконно, но он верил, что новости об этой практике останутся в тайне.
Он имел право нанимать местных рабочих только "при условии, что каждый из них будет получать справедливое вознаграждение за свой труд". Хотя формально у него не было законных полномочий наказывать ни русских, ни жителей Аляски, он часто использовал плеть для поддержания дисциплины на отдаленном форпосте. Для него аборигены были работниками, клиентами, конкурентами и, в некоторых случаях, людьми "второго сорта", подобно русским крепостным. Но Баранов был не только угрюм и полон плети. Он также любил музыку, танцы и пение, и в похожих на бараки общинных ночлежках часто собирались энергичные участники праздников, в том числе и сам Баранов, который охотно принимал участие в торжествах.
Баранов перенес все поселение в более защищенное и удобное место, приложив немало усилий, чтобы новый город был "красив и приятен для жительства". Он также начал строить новые крепости или форпосты на материке, где жили различные туземные группы, и убеждал их поддерживать хорошие отношения, уговаривая товарами и обещаниями торговли. Он даже взял себе в жены Анну, дочь одного из видных вождей. Для себя и Анны он построил удобный двухэтажный дом, и вскоре у них родился сын. Баранов встречался с английскими торговцами, в том числе со знаменитым английским мореплавателем Джорджем Ванкувером, который в то время составлял для британского правительства монументальную карту всего региона от Калифорнии до Аляски.
Но проблемы были всегда. Алеуты и алютиики Кодьякского региона, которые, по сути, находились под его командованием, иногда встречались с военными партиями работорговцев- тлинкитов, пришедших с более далекого юга. Люди из колонии Баранова постоянно конфликтовали с другими русскими торговцами в малозначительной, но жестокой борьбе. Баранов убеждал многих туземцев не торговать с его конкурентами, а иногда побуждал их нападать на торговые заставы соперников. В течение 1790-х годов он добился многого, не имея практически никакой поддержки, обеспечивая всех продовольствием и умиротворяя враждующие группировки. Но он постоянно опасался мятежей рабочих и нападений высокомерных русских морских офицеров, нанятых Шелиховым. Однажды его зарезал пьяный недовольный в одной из рабочих казарм, когда он отчитывал работников за кражу спиртного и табака и за отказ работать. Его авторитет подрывали священники, которые тайно отправляли в Россию письма с осуждением его руководства, утверждая, что он безнравственен и поощряет пьянство и другие занятия, например пение. Достигнув предела своей терпимости, он пригрозил отставкой, когда Шелихов осмелился критиковать его: "С тех пор как я перешел к вам на службу, я боюсь, что потерял то, что мне дороже всего - мое доброе имя. Вам лучше найти себе преемника. Я старею, и чувства мои притупляются... Моя энергия подводит меня. Однако в следующий раз я отправлю меха вместе с ними, если только вы не измените свое отношение ко мне и не пришлете мне людей, способных работать, а не паразитов, нанятых только для того, чтобы приумножить фигуру". Но не успел он уехать, как попал в события, которые задержат его в Русской Америке до конца жизни.
