В ожидании зимних снегов, которые облегчат путешествие на восток, Резанов и Анна полюбили друг друга и поженились в январе 1796 года. Они отправились в новую совместную жизнь в Св.
Петербург. В качестве значительного приданого Анны Шелихов и Наталья оформили на нее значительную часть акций компании "Шелихов-Голиков" - ловкий ход, который позволил Резанову не забыть о своем интересе к Русской Америке, когда он вернулся в столицу. Через полгода Шелихов умер от сердечного приступа в возрасте сорока восьми лет.
На острове Кодьяк Баранов был в ярости от того, что на него взвалили ответственность за жрецов, и потребовал освободить его от должности по истечении пятилетнего контракта, чтобы он мог вернуться в Россию. Наталья сначала медлила, потом умоляла его остаться, а затем еще несколько лет откладывала отправку его замены, ссылаясь на хаос, который вызвала смерть Шелихова. Она взяла на себя управление предприятием и оказалась втянута в судебные тяжбы с иркутскими купцами. В итоге обвинения дошли до Петербурга, где у нее, к счастью, был союзник в лице зятя Резанова. Иркутские купцы, торговавшие с Русской Америкой, сопротивлялись всем попыткам Натальи объединить их ресурсы для достижения общей цели, несмотря на дополнительное давление со стороны российского правительства, которое требовало создания Объединенной американской компании. Они хотели своей независимости и, как следствие, ненавидели Наталью. Резанов, занявший влиятельное положение в качестве авторитетного советника при новом царе Павле, убедил его в необходимости создания колониальной корпорации по образцу тех, что были созданы другими европейскими державами: голландской Ост-Индской компанией, английской Ост-Индской компанией и компанией Гудзонова залива. Это была испытанная и проверенная модель успеха. Эта монополия должна была послужить "смягчению нравов дикарей путем их постоянного контакта с русскими... . и русским взглядом на вещи", - советовал Резанов. В Русской Америке, несмотря на почти полувековую неофициальную оккупацию, до сих пор не было правительства. Резанов предложил назвать эту организацию Русско-Американской компанией.
8 июля 1799 года царь Павел I принял решение в пользу Резанова и новой Российско-Американской компании. У всех конкурирующих компаний был один год, чтобы либо поглотиться, либо свернуть свою деятельность. Царь также изменил давний запрет на участие дворян в коммерческой деятельности, разрешив им вкладывать деньги в новую монополию, но не управлять ею. Наталья и ее дети были облагодетельствованы за их роль в распространении русской культуры в дикой Америке. Резанов был назначен генерал-прокурором Сената и стал единственным официальным представителем правительства в правлении Российско-Американской компании.
Представители аристократии и высшие государственные чиновники, а также купцы и торговцы стремились вложить деньги в новую компанию. В 1800 году головной офис компании был перенесен из Иркутска в Санкт-Петербург, чтобы быть ближе к правительству и влиятельным инвесторам. Это был удачный год для инвестиций: за первый год стоимость акций компании выросла почти на 300 процентов.
Баранову принадлежало значительное количество акций, и, услышав новость, он, должно быть, удовлетворенно усмехнулся, что ему повезло, что на его отставке не настаивали. Теперь ему не хотелось покидать свой новый дом, ведь здесь жили двое его детей, Антипатр и Ирина, и жена, с которой он сжился. Получив монополию, он больше не будет отвлекаться на борьбу с назойливыми конкурентами и сможет посвятить себя исключительно расширению торговой сети Российско-Американской компании, распространению русской культуры и укреплению политического господства России. Его возвели в должность управляющего, или губернатора, во главе Русско-Американской компании, которая обладала монопольной юрисдикцией, политической и торговой, над всей Русской Америкой.
Полномочия Русско-Американской компании были схожи с полномочиями других известных торговых монополий той эпохи и включали право содержать вооруженные силы, заключать договоры и соглашения с другими близлежащими державами и, конечно же, вести коммерческую деятельность в качестве монополии. Компания должна была владеть всей собственностью в пределах своей юрисдикции, за исключением сугубо личной собственности своих служащих, и контролировать всю остальную деятельность. Ее владения должны были быть огромными - от Арктики до 55-й параллели на юг, от Сибири на восток до тихоокеанского побережья Америки и далее вглубь страны на пока неопределенное расстояние.
Первоначальный устав компании был рассчитан на двадцать лет. Она должна была стать правительством внутри правительства, а Баранов - бесспорным хозяином того, что по сути являлось королевством средних размеров. Хотя тысячи туземцев посмеялись бы над тем, что Баранов стал их владыкой, у компании уже было девять форпостов, кроме Кодьяка, где к этому времени насчитывалось около сорока деревянных зданий, включая церковь.