В 1564 году иезуиты прибыли во Францию; их проповеди пробудили пыл католиков, и особенно в Париже они обратили в свою веру множество гугенотов. В провинциях сильная католическая реакция свела на нет многие достижения протестантов. Эдикты о веротерпимости неоднократно нарушались, и варварство процветало при обоих режимах. Католические магистраты нередко вешали граждан только за то, что они были гугенотами.43 В Ниме протестанты расправились с восемьюдесятью католиками (1567 г.).44 В период с 1561 по 1572 год было совершено восемнадцать массовых убийств протестантов и пять — католиков; также было совершено более тридцати убийств.45 Екатерина импортировала наемников из Швейцарии и не дала удовлетворительного ответа, когда Конде спросил, для какой цели она их нанимает. Полагая, что их собственная жизнь в опасности, Конде и Колиньи с вооруженными последователями попытались захватить короля и королеву-мать в Мо (сентябрь 1567 года), но Монморанси сорвал эту попытку. Екатерина теперь боялась Колиньи так же, как когда-то боялась Гиза.
Колиньи и Конде считали, что для восстановления даже ограниченных прав гугенотов необходима вторая война. Они, в свою очередь, ввезли наемников, в основном из Германии, чтобы укрепить свои истощенные армии; они захватили Орлеан и Ла-Рошель и двинулись на Париж. Екатерина попросила Алву о подкреплении; тот немедленно прислал его, и при Сен-Дени, недалеко от столицы, Монморанси во главе шестнадцати тысяч человек выступил против войск Конде в одном из самых кровопролитных и наименее решающих сражений этих войн. Монморанси умер от ран. Франция снова задалась вопросом, что это за религия, которая побуждает людей к такой резне; и Л'Анпиталь воспользовался возможностью, чтобы заключить мир Лонжюмо (23 марта 1568 года), который восстановил скромную веротерпимость, предоставленную Амбуазским эдиктом.
Католики осудили договор и отказались выполнять его условия. Колиньи обратился с протестом к Екатерине, но она сослалась на бессилие. В мае 1568 года испанский посол в Риме Хуан де Зуньига сообщил, что узнал от папы Пия V о том, что французское правительство рассматривает возможность убийства Колиньи и Конде.46 Возможно, оба гугенотских лидера располагали подобной информацией. Они бежали в Ла-Рошель, где к ним присоединились Жанна д'Альбре и ее сын, которому уже исполнилось пятнадцать лет и который жаждал действовать. Была сформирована новая гугенотская армия, собран флот, укреплены стены, а все попытки правительственных войск войти в город были отбиты. Английские частные суда принимали поручения Конде, поднимали его флаг и делали добычей все имущество католиков, которое им удавалось захватить.47 Теперь Конде был фактически сувереном к югу от Луары.
Екатерина рассматривала Третью религиозную войну как революцию, как попытку разделить Францию на две нации, одну католическую, другую протестантскую. Она упрекнула Л'Эпиталя в провале его политики примирения; он подал в отставку; она заменила его на посту канцлера бескомпромиссным приверженцем Гизов. 28 сентября 1568 года правительство отменило эдикты о веротерпимости и объявило реформатскую веру вне закона во Франции.
Всю ту зиму соперники готовились к решающему сражению. 3 марта 1569 года они встретились в Жарнаке, недалеко от Ангулема. Гугеноты потерпели поражение; Конде, измученный ранами, сдался, но был ранен с тыла и умер. Колиньи принял командование и реорганизовал войска для упорядоченного отступления. При Монконтуре гугеноты снова потерпели поражение, но Колиньи с помощью стратегии восстановил утраченное в бою; и без побед, почти без продовольствия, неунывающие гугеноты продвинулись на расстояние нескольких часов марша от Парижа (1570). Несмотря на субсидии из Рима и Испании, правительству было трудно финансировать свои армии и держать католических дворян на поле боя дольше месяца или двух за раз. Тем временем полчища наемников опустошали страну, грабя без разбора католиков и протестантов и убивая всех, кто осмеливался сопротивляться.
Екатерина предложила Колиньи возобновить Лонжюмоский договор; он отказался от него как от недостаточного и продолжил наступление. В этот момент молодой Карл IX неожиданно заявил о своей власти и подписал в Сен-Жермене (8 августа 1570 года) мир, который давал побежденным гугенотам больше, чем они когда-либо получали до этого: свободу вероисповедания, кроме как в Париже или при дворе, полное право на государственные должности и, в качестве гарантии того, что эти условия будут соблюдаться на практике, право держать четыре города под своим независимым управлением в течение двух лет. Католики негодовали и недоумевали, почему после стольких побед последовала такая капитуляция. Филипп и Папа протестовали. Екатерина отмахнулась от них, заверив, что просто выжидает время. I
